如何在R中創建一個類似散點圖，如盒形圖？

Question

有誰知道如何在R創建散點圖中PRISM的的GraphPad營造出宛如these圖：

我試着用箱線圖，但他們不顯示數據我想要的方式。 Graphpad可以生成的這些列散點圖顯示數據對我來說更好。

任何建議，將不勝感激。

Answer 1

正如@smillig提到的，您可以使用此實現GGPLOT2。下面的代碼重現了你非常好的情節 - 警告它非常棘手。首先加載GGPLOT2包，併產生了一些數據：

library(ggplot2) 
dd = data.frame(values=runif(21), type = c("Control", "Treated", "Treated + A")) 

下更改默認的主題：

theme_set(theme_bw()) 

現在我們所建立的情節。

1. 構造一個基本對象 - 沒有被繪製：

   g = ggplot(dd, aes(type, values)) 
   

2. 添加上的點：

   g = g + geom_jitter(aes(pch=type), position=position_jitter(width=0.1)) 
   

3. 添加於：根據類型調整默認抖動和變化字形「盒子」：計算盒子的結束位置。在這種情況下，我選擇了平均值。如果你不想要這個盒子，只需要省略這一步。

   g = g + stat_summary(fun.y = function(i) mean(i), 
        geom="bar", fill="white", colour="black") 
   

4. 添加上一些誤差條：計算所述上/下限和調節的條寬：

   g = g + stat_summary(
        fun.ymax=function(i) mean(i) + qt(0.975, length(i))*sd(i)/length(i), 
        fun.ymin=function(i) mean(i) - qt(0.975, length(i)) *sd(i)/length(i), 
        geom="errorbar", width=0.2) 
   

5. 顯示的情節

   g 
   

1. 在我上面的R代碼中，我使用stat_summary來計算實時需要的值。您也可以創建單獨的數據幀並使用geom_errorbar和geom_bar。
2. 要使用base R，看看我對這個question的回答。

Answer 2

如果你不介意使用ggplot2包，有一個簡單的方法，使類似的圖形與geom_boxplot和geom_jitter。使用mtcars示例數據：

library(ggplot2) 
p <- ggplot(mtcars, aes(factor(cyl), mpg)) 
p + geom_boxplot() + geom_jitter() + theme_bw() 

產生如下圖：

的文檔可以在這裏看到：http://had.co.nz/ggplot2/geom_boxplot.html