進程替換

我給看看周圍什麼困擾我，我才發現這一點： Do some programs not accept process substitution for input files?進程替換

這部分幫助，但我真的想了解完整的故事。我注意到當我使用進程替換時，一些R腳本給出了不同的（即錯誤的）結果。

我試圖與一個測試用例以查明問題：

這個腳本：

#!/usr/bin/Rscript 

args <- commandArgs(TRUE) 
file <-args[1] 
cat(file) 
cat("\n") 
data <- read.table(file, header=F) 
cat(mean(data$V1)) 
cat("\n")

以這種方式生成的輸入文件：

$ for i in `seq 1 10`; do echo $i >> p; done 
$ for i in `seq 1 500`; do cat p >> test; done

使我這個：

$ ./mean.R test 
test 
5.5 

$ ./mean.R <(cat test) 
/dev/fd/63 
5.501476

進一步的測試表明，一些線路丟失了......但我想明白爲什麼。 read.table（掃描結果是否相同）使用seek？

詩篇。具有較小測試文件中報告（100）的錯誤：

$./mean.R <(cat test3) 
/dev/fd/63 
Error in read.table(file, header = F) : no lines available in input 
Execution halted

添加＃1：與使用掃描結果是相同的一個修改後的腳本。

來源

2013-04-03 vodka

'read.table'可能會窺探文件以確定列格式，然後在回溯到開始時失敗。（只是瘋狂的猜測）如果你的R腳本中有'cat（head（data $ V1））'，會發生什麼？ – krlmlr

在進程重定向的情況下給出'2 3 4 5 6 7'，而不是'1 2 3 4 5 6'。打印整個數據框給5001條沒有它（正確）的行，在另一個情況下爲3050條。我也認爲尋求可能是問題，但是......它不應該報告錯誤而不是繼續使用部分數據嗎？ – vodka

在文件中上下移動肯定是問題：https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2007-September/141769.html但我仍然認爲應該報告一個錯誤，也許我會填寫一個錯誤。我仍然需要調查掃描是否也發生了同樣的情況（這給了我和read.table一樣的錯誤結果）。 – vodka

我寫了這個通用功能打開我自己的腳本文件的連接：

OpenRead <- function(arg) { 

    if (arg %in% c("-", "/dev/stdin")) { 
     file("stdin", open = "r") 
    } else if (grepl("^/dev/fd/", arg)) { 
     fifo(arg, open = "r") 
    } else { 
     file(arg, open = "r") 
    } 
}

在代碼中，替換file與file <- OpenRead(file)，它應該處理所有的如下：

./mean.R test 
./mean.R <(cat test) 
cat test | ./mean.R - 
cat test | ./foo.R /dev/stdin

來源

2013-04-03 11:14:14 flodel

是的，這是有效的（事實上，我注意到使用「/ dev/stdin」的問題，並在前一段時間切換到「stdin」）。我仍然認爲這可能會被視爲R中的一個錯誤，儘管... – vodka

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