從mbash塊訪問參數的RMarkdown

Question

我使用參數創建了一個RMarkdown文件file.Rmd。

我知道如何但不能從bash chunk

一個r chunk中訪問參數如果是絕對沒有辦法這樣做，我將通過r chunk寫在一個文件中的參數，然後從bash chunk讀吧.. 。

--- 
output: html_document 
params: 
    myParam1: 
    label: "Choose 1st parameter" 
    value: 20 
    input: slider 
    min: 0 
    max: 100 
    myParam2: 
    label: "Choose 2nd parameter" 
    value: "Hello" 
    input: text 
--- 

```{r setup, include=FALSE} 
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE) 
``` 

```{r, echo=FALSE} 
print(paste("1st parameter :",params$myParam1)) 
print(paste("2nd parameter :",params$myParam2)) 
``` 

```{bash} 
# Don't know how to get parameters here 
echo $params 
``` 

感謝

Answer 1

我見過幾個選項

1. 使用Sys.setenv從R to bash導出變量，因此將此行添加到R塊。

   Sys.setenv(params = params$myParam1)

2. 使用runr package

Answer 2

感謝克里斯S，這工作正常。 我萬一有人分享我所用的解決方法（創建tmp文件）會感興趣：

--- 
output: html_document 
params: 
    myParam1: 
    label: "Choose 1st parameter" 
    value: 20 
    input: slider 
    min: 0 
    max: 100 
    myParam2: 
    label: "Choose 2nd parameter" 
    value: "Hello" 
    input: text 
--- 

```{r setup, include=FALSE} 
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE) 
``` 

克里斯·解決方案：

```{r, echo=FALSE} 
Sys.setenv(param1=params$myParam1) 
Sys.setenv(param2=params$myParam2) 
``` 
```{bash, echo=FALSE} 
echo $param1 
echo $param2 
``` 

我的解決方法：

```{r} 
param1 <- paste0("param1=\"",params$myParam1,"\"") 
param2 <- paste0("param2=\"",params$myParam2,"\"") 

# Write parameters in temporary file 
fileConn <- file("~/params.tmp") 
writeLines(c(param1,param2), fileConn) 
close(fileConn) 
``` 

```{bash, echo=FALSE} 
. ~/params.tmp 
rm ~/params.tmp 
echo $param1 
echo $param2 
```