2017-01-17 65 views
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我一直在開發一個閃亮的儀表板,該儀表板有一個下載PDF的按鈕。我一直在我的Windows 7計算機上本地工作,使用以下:Rmarkdown Pandoc問題

  • [R 3.3.1
  • RStudio 0.99.902

我已經開發了儀表盤就好了,在* .Rmd文件也可以工作,雖然它花了一些時間來弄清楚一些格式化的東西。除了一些使用header.tex文件格式化的東西外,一切都是標準的。我沒有使用任何特殊的軟件包或類似的東西。

最後,這個儀表板應該在我爲最終用戶設置的Redhat 6.8盒子上運行。在這個盒子我有以下的安裝:

  • [R 3.3.1(這將安裝一些標準的texlive依賴)
  • Pandoc 1.9.4.1-1.1.el6

我已經確保所有需要的軟件包都已安裝在R裝置中(rmarkdown,knitr,shiny等)。發生

我的問題時,試圖編織/渲染* .Rmd文件:

> rmarkdown::render("pdfReport.Rmd") 
    Error: pandoc version 1.12.3 or higher is required and was not found (see the help page ?rmarkdown::pandoc_available). 

於是,經過一番搜索,我發現,RedHat的回購協議(及其他分派)往往攜帶大量舊版本pandoc的,而Windows的RStudio安裝我帶有與我需要的項目兼容的pandoc.exe。

我的下一步行動就是手動安裝pandoc。我發現:

http://pandoc.org/installing.html

它會引導您完成下載和堆棧的方式安裝。所以我安裝了Haskell平臺和Haskell工具集來獲得「堆棧」。然後,我嘗試用該過程編譯幾個不同版本的pandoc,但沒有取得任何成功和大量編譯錯誤。

與所有的這麼說,是下列之一的可能性:

  1. 上輕鬆的RedHat 6.8安裝pandoc的當前版本(1.12或更新版本)?也許有一個RPM在某個地方?
  2. 使我安裝時的安裝參數(RHEL 6.8,R 3.3.1和pandoc 1.9.4.1)一起工作?也許某種重寫。

在此先感謝!

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伸出援手,因爲谷歌顯然被打破了。['在RedHat 6.8 pandoc 1。12'搜索條件],這是非常有希望的關閉作爲這裏的主題(也許不在服務器故障)https://rpmfind.net/linux/rpm2html/search.php?query=pandoc – hrbrmstr

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@hrbrmstr - 拍攝,我應該提到這一點 - 我確實抓住了這個RPM並嘗試它,但是有幾個依賴關係是安裝無法找到的。我解決了其中的很多問題,但有幾個無法解決或由回購提供的錯誤版本。我不得不去找所有這些特定版本並下載它們。有沒有更容易的方法來做到這一點,我不知道? – azdatasci

回答

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Pandoc 1.17目前在Fedora repo應該與RedHat兼容,對不對?

但是1.17已經很老了。所以compiling from source可能是你最好的選擇和使用stack這是相當直接:

git clone https://github.com/jgm/pandoc 
cd pandoc 
git submodule update --init # to fetch the templates 
stack setup     # to fetch ghc 
stack install 
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謝謝你,我已經找到了另外一個你剛剛列出的東西,但它有點不同,因爲它使用了1.19版本,但是它失敗了。回顧並遵循當前的流程(我假定當前的穩定版本)工作得很好。謝謝你的回答! – azdatasci

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很高興聽到,是的主人是相當穩定的...如果你想要一個實際版本,你可以從https://github.com/jgm/pandoc/releases – mb21

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真棒。再次感謝。看起來事情已經開始並且正在運行! :) – azdatasci