方差分析使用Python SciPy的，而不在每一個組名手動鍵入

Question

我有一個DF，看起來像這樣

  Ens_prot_ID  Ens_gene_ID Sample  TPM  ppm ppm/TPM 
0  ENSP00000416240 ENSG00000109072 liver 2540.4 0.003 0.000001 
21597 ENSP00000226218 ENSG00000109072 liver 2540.4 110.000 0.043300 
... 

下面的代碼不能正常工作，並給出「KeyError異常：0」

from scipy import stats 
proteins=df['Ens_prot_ID'].unique() 
stats.f_oneway([df[df['Ens_prot_ID'] == prot]['ppm/TPM'] for prot in proteins]) 

我沒有運行

from scipy import stats 
proteins=df['Ens_prot_ID'].unique() 
for prot in proteins: 
    df[df['Ens_prot_ID'] == prot]['ppm/TPM'] 

因此，這似乎是一個問題f_oneway（）不喜歡我的輸入形式問題。有沒有辦法讓函數接受不是手動輸入的組名？

Answer 1

你可以這樣來做：

stats.f_oneway(*(df[df['Ens_prot_ID'] == prot]['ppm/TPM'] for prot in proteins)) 

的*可以將多個參數傳遞給函數：https://pythontips.com/2013/08/04/args-and-kwargs-in-python-explained/

我也改變了列表中理解到generator comprehension的情況下，你的DataFrame很大。