使用pvclust集羣一維數據

Question

感謝您花時間閱讀此問題。我有一些一維數據要在R中集羣。基本的hclust命令工作正常。但pvclust命令，但是，不採取一維數據，並口口聲聲說：

Error in hclust(distance, method = method.hclust) : 
    must have n >= 2 objects to cluster 

我發現了一個變通，我增加了一些全零行的數據。因此，該數據變爲：

 [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10] 
[1,] 7.424 14.251 15.957 1.542 2.451 20.836 13.534 20.003 12.555 10.817 
[2,]  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0 
[3,]  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0 
[4,]  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0 

然後我跑pvclust，和它的工作！

但是我擔心這個解決方案會把pvclust背後的數學問題搞砸了。任何人都可以告訴我我是否正確/錯誤，以及是否有更好的解決方案來解決我的問題？

謝謝！

Answer 1

首先，讓我指出這些方法都不適用於一維數據。

對於一維數據，請使用一種方法，利用該數據可以是排序。例如，使用基於核密度估計的方法。

術語「聚類分析」通常與僅用於多維數據一起使用。在一維中，有更好的方法。另請參閱「自然休息優化」，但恕我直言，您應該使用核心密度估計：在KDE中以當地最小值分割數據。

現在你真正的問題。最可能的問題是你是......傳遞1維數據。這被解釋爲一個記錄，其中d維度，因此該方法抱怨只有單個樣本。您可能已經成功通過調換您的記錄。

隨着您添加零記錄的攻擊，結果很可能會變成虛假。你可能會聚集一個數據集，它有一個包含你的數據的向量，並且有3個向量都是零...

但是最後你不應該在這裏使用這些方法！使用一種利用您的數據可以排序的方法。