有沒有辦法從ELKI中將可達性列表輸入到Optics Xi中並獲得集羣？

我在將數據正確輸入ELKI以運行Optics算法時遇到了一些麻煩，但使用Optics的R實現，我可以輕鬆獲得可達距離列表。我可以將它們寫入這樣的文件。（指數，距離）有沒有辦法從ELKI中將可達性列表輸入到Optics Xi中並獲得集羣？

1 Inf文件

2 0.5

3 0.9 ...

我想找到由局部最小值分離簇。我認爲ELKI軟件的Optics Xi算法可以做到這一點，但由於我無法導入數據，因此無法使用它。

使用Optics論文中的僞代碼將光學聚類提取算法寫入另一種語言會更容易嗎？我認爲從最基本的角度來看，它們只是將指數聚集在一起，而不會降低到新的局部最小值。

感謝

來源

2016-01-04 Frobby Frob

我敢打賭，你只需要實現一個Java接口。在ELKI中，一切似乎都有一個可以插入的接口。但是，修正你的「一些麻煩」可能更容易，因爲ELKI工作得很好（確保啓用一個索引，並在epsilon上設置一個上限 - 這會提高很多）。這似乎是唯一可用的OPTICS實現。 –

你可以嘗試實現接口OPTICSTypeAlgorithm，這在很大程度上意味着讀取數據並將其存儲在ClusterOrder類型的對象。

但是，ELKI包含OPTICS的稍微高級版本，可以使用OPTICSXi產生更好的結果。細節最終將作爲技術報告等發佈。您從R實現中獲得的數據不足以糾正光學繪圖中的一些常見僞影。

請在ELKI中使用OPTICS版本。嘗試覆蓋樹索引（這是非常快速和易於使用）。避免在輸入數據中使用ID列，或告訴解析器哪一列是ID列。

來源

2016-01-05 12:24:07

我有一個預先計算的距離矩陣，我已經重新格式化爲3列成對距離。即 \t 2 0.0895585119724274 –

當我使用像這樣的輸出：當我使用ELKI參數是這樣的：參數：-dbc DBIDRangeDatabaseConnection -idgen.start 1 -idgen.count 2424 -time -algorithm聚類。 optics.OPTICSList -algorithm.distancefunction external.FileBasedDoubleDistanceFunction -distance.matrix /Users/jperrie/Documents/col3elki.csv -optics.epsilon 5.0 -optics.minpts 2 -resulthandler ResultWriter -out /Applications/elki-0.7.0/opticslisttest1 光學列表似乎沒有合作:( –

我想我做錯了3列列表。 –

有沒有辦法從ELKI中將可達性列表輸入到Optics Xi中並獲得集羣？

回答

相關問題