Python和OpenMP C擴展

我有一個C擴展，我想使用OpenMP。當我輸入我的模塊，但是，我得到一個導入錯誤：Python和OpenMP C擴展


ImportError: /home/.../_entropysplit.so: undefined symbol: GOMP_parallel_end

我編譯-fopenmp和-lgomp模塊。這是因爲我的Python安裝不是用-fopenmp標誌編譯的嗎？我需要從源代碼構建Python嗎？或者還有其他一些可能性嗎？這是我其實我的模塊中使用OpenMP的唯一時間：


unsigned int feature_index; 
#pragma omp parallel for 
for (feature_index = 0; feature_index < num_features; feature_index++) {

我想堅持使用OpenMP，如果有可能，只是因爲它是如此簡單，在這種情況下，並行適合很好。

編輯：我咬緊牙關，用OpenMP支持重新編譯Python。我的模塊現在完美工作，但這不是一個很好的解決方案。如果需要Python的完整重新編譯，我無法真正分配它。那麼是否有人知道一些解決辦法？ ctypes可以工作嗎？

已解決！這是一個簡單的鏈接問題。（我爲此重建了Python！）在編譯模塊期間，OpenMP沒有正確連接。因此可以加載使用OpenMP的C Python擴展。

來源

2010-08-26 ajduff574

您可能會考慮將您的解決方案複製到根據此問題發佈的「真實」答案中，以便更容易看到（並且可以提高）。 – 2010-08-30 02:18:54

謝謝，我會這樣做的。 – ajduff574 2010-08-30 02:55:35

只是爲了更清楚，這裏是你的setup.py應該是什麼樣子：

ext = Extension(
     'milk.unsupervised._som', 
     sources = ['milk/unsupervised/_som.cpp'], 
     extra_compile_args=['-fopenmp'], 
     extra_link_args=['-lgomp']) 


... 
setup(..., ext_modules = [ext])

來源

2010-10-08 19:25:14 luispedro

現在，如何以跨平臺的方式來處理gcc，msvc和Clang的版本，否則它們會優雅地支持openmp和fallback？ – 2015-11-29 20:14:41

@ColonelPanic：我也很想知道。 – luispedro 2015-12-03 17:46:27

這是一個簡單的鏈接問題。在編譯模塊期間，OpenMP沒有正確連接。所以可以加載使用OpenMP的C Python擴展。 -fopenmp必須傳遞給編譯器，-lgomp傳遞給鏈接器 - 如果你使用distutils，確保你的setup.py配置正確。我猜測，重建Python也很有效，因爲我已經將OpenMP與Python正確關聯，所以當Python加載模塊時，庫已經正確鏈接到了。

來源

2010-08-30 03:00:06 ajduff574

我知道這是一個過時的帖子，但我會分享我的經驗，我也遇到了這個確切同樣的問題，但在命令行使用f2py。我本來編譯我的OpenMP啓用使用

f2py --fcompiler=gfortran --f90flags='-fopenmp -lgomp' -m sub -c sub.90

Fortran 90的子程序，其成功地創建了共享對象sub.so。但是，試圖從Python外殼導入此類產生類似的未定義符號 ImportError。但是，原作者聲明這是因爲我試圖將-fopenmp和-lgomp傳遞給編譯器，而只傳遞-fopenmp給它，並且-lgomp應該傳遞給鏈接器。

所以，我一直在做以下

f2py --fcompiler=gfortran --f90flags='-fopenmp' -lgomp -m sub -c sub.f90

就是這樣，問題就解決了，現在我可以導入我的子程序。

來源

2013-12-06 02:33:24

Python和OpenMP C擴展

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