對二級結構預測

Question

前後算法我想用於蛋白質二級結構預測HMM（前進後退模型）。

基本上，一個三態模型用於：美國= {H =α螺旋，B =β片層，C =線圈}

，並且每個狀態具有的發射概率PMF 1 * 20（爲20個氨基酸）。

在前向後向模型上使用序列的「訓練集」後，期望最大化收斂爲最佳轉換矩陣（三個狀態之間3乘3）和每個狀態的發射概率pmf。

有誰知道被確定的轉換矩陣和發射概率的「正確」值的序列的數據集（優選非常小）的。我想用該數據集在Excel應用向前向後算法，並建立了我的信心，以確定我是否能得到同樣的結果。

然後移動到東西少比原始Excel中：O）

Answer 1

要做到這一點，最好的辦法可能是從你決定發行製作自己的模擬數據。然後你運行程序，看是否參數估計對你的已知參數收斂。在你的情況下，這將涉及編寫一個馬爾可夫鏈，它以一些已知和任意的概率（例如，P（螺旋到鏈）= 0.001）從一個狀態變化到另一個狀態，然後發出一個氨基酸，概率爲例如，P（蛋氨酸）= 0.11）。對於每一步，打印出狀態和排放。然後，您可以觀察後驗概率接近每個站點的狀態。

你可以讓你想要這些爲任意的，因爲當你運行你的HMM你應該適當的分佈收斂。

祝你好運！