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    計算較大DNA序列中模糊序列的出現

    我想搜索並計算在較大序列（F）內發生的小DNA序列（R）的數量，但R有幾個可能是變量。我認爲最簡單的方法是設置R的比率並在F中將所有命中數計數在80％以上，但似乎只執行此操作的命令（例如difflib的SequenceMatcher或get_close_matches）需要使用列表才能工作。我不能把F分成任何這樣的名單。有任何想法嗎？ 編輯2：更多信息請求。 DNA片段（F）中存在一定數量的重複序
    python-2.7 bioinformatics fuzzy-search 2017-09-27

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    劇情可變總和

    我有這樣（來自DNA測序）數據： read.lengths = c(100, 100, 200, 250, 300, 400, 400, 500, 500) 每個長度僅僅是一個數字的在讀取DNA鹼基。給定任意數量的分箱，繪製讀取長度與計數的直方圖非常簡單。 ggplot(data.frame(read.lengths)) + geom_histogram(aes(x = read.length
    r ggplot2 bioinformatics 2017-09-28

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    如何在python中以某個角度「降低」圖形

    我目前正在編寫「正在做」的程序，並繪製DNA樣本的相位分析，並且出現了一些問題：Output plot HERE!右側的圖像來自MATLAB並且是它應該如何看起來的例子。左邊的圖像是從我的程序輸出的。正如你所看到的藍色圖形看起來是正確的，但它是在不同的角度。我檢查過代碼，它和我的程序的MATLAB版本基本相同。無論如何，我會把它放在這裏，也許有一個我不知道的錯誤。但如果不是這樣，是否有一種「轉向/
    python matplotlib signal-processing bioinformatics analysis 2017-11-18

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    解析VCF文件的INFO字段

    請幫我解析一個VCF文件。我正在粘貼一個真實的例子。 輸入： 1 1014143 rs786201005 C T . . RS=786201005;RSPOS=1014143;dbSNPBuildID=144;SSR=0;SAO=1;VP=0x050068000605000002110100;GENEINFO=ISG15:9636;WGT=1;VC=SNV;PM;PMC;NSN;REF;ASP;L
    linux bash awk sed bioinformatics 2017-10-08

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    進入特徵的DNA序列

    我有一個數據集包含DNA序列，我想將它們轉換成數字表示。本文件中： 這是什麼過程（轉變），我想搜索一下嗎？ 如何在python中應用它？ 它可以作爲一個大數組，作爲數據集輸入嗎？
    python bioinformatics dna-sequence 2017-10-09

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    將文件分配給對方

    我想分配兩個文件作爲輸入文件。下面一個例子： directory1 AB001.txt AB002.txt AB003.txt .... directory2 AB001.fasta AB002.fasta AB003.fasta .... 所以，我要遍歷超過5000 * .txt文件與相應的* .fasta文件（總是相匹配的前綴）。所有* .txt文件應該執行的命令是：
    shell loops bioinformatics 2017-10-10

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    修改代碼，以便它可以從文件中讀取，併產生相應的輸出

    我想如下修改如下程序： 第一行包含蛋白質的名稱和計數隨後的這種蛋白質的輸出線（如N） 接下來的N行中的每一行都包含一個匹配信息：GBoxes的位置和實際匹配（記住存在擾動和X的即通配符，允許）。 腳本： import csv import matplotlib.pyplot as plt import numpy as np # all G boxes def match(x,y):
    python python-2.7 python-3.x bioinformatics 2017-10-11

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    將for循環的輸出添加到列表中

    我已經看過以前提過的關於在列表中保留'for循環'輸出的問題，但我似乎無法將其應用於我的函數。 也許有人可以給我一個關於我做錯了什麼的線索。 dna_seqs <- list('id1', 'ATGGCAATAACCCCCCGTTTCTACTTCTAGAGGAGAAAAGT', 'id2', 'TCCGTTAAGATATTCTTACGTGTGACGTAGCTATGTATTTTGCAGAGCTGGC
    r bioinformatics 2017-10-12

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    Weblogo - 硒字母

    我要生成硒代半胱氨酸的標誌，但是當我選擇的選項與reduced_protein_alphabet我得到錯誤「但卻難免重複字母」 weblogo -f sc.txt -D fasta -o sc_logo -F pdf -a reduced_protein_alphabet -s large -n 100 -c chemistry
    console bioinformatics biopython 2017-10-18

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    snakemake是用於處理輸出中介工作流程的正確工具

    我是新手，嘗試使用snakemake（上週左右），以便處理較少的工作流細節，以前我編寫了自己的特定工作流程通過python。 我生成了一個小工作流程，其中的步驟之間將使用Illumina PE讀取並運行Kraken對他們。然後，我會解析Kraken輸出的輸出，以檢測最常見的物種（在一組允許範圍內），如果沒有提供物種值（使用snakemake運行-s test.snake --config R1_r
    bioinformatics snakemake 2017-10-19
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