R基於具有環境向量的cmd函數繪製PCoA

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我需要基於具有環境向量的不相似矩陣（vegdist，方法Bray）製作PCoA圖（cmd尺度）。R基於具有環境向量的cmd函數繪製PCoA

我得到了儘可能多的PCoA圖，但是，我不知道如何繪製環境變量的向量。

它們是否應放在單獨的文件中。使用envfit函數，以及我是如何初學者？

如果有人可以一步一步地告訴我如何做到這一點，這將是美好的。

謝謝。

來源

2012-12-07 user1886459

歡迎堆棧溢出！提問時一個很好的提示就是顯示你嘗試了什麼，例如你發現了谷歌搜索的文檔，你試過的一些代碼等等。這會增加你得到一個好答案的機會。 –

有這麼多的免費可用資源，有分步手冊。例如，vegan-vignettes，Roeland金特的'Tree diversity analysis'還有更多...

本書由博查德（Numerical ecology with R）也很不錯。

這裏是一個首發：

require(vegan) 
data(dune) 
data(dune.env) 

str(dune) 
str(dune.env) 

# CMD 
cmd <- cmdscale(vegdist(dune, method="bray")) 
# Plot CMD 
ordiplot(cmd) 
# Fit environmental variables 
fit_env <- envfit(ord=cmd, env=dune.env) 

# plot environmental variables with p < 0.05 
plot(fit_env, p.max = 0.05) 

# add smooth surface for A1 
ordisurf(cmd, dune.env$A1, add = TRUE)

來源

2012-12-07 21:34:26 EDi

感謝您的回覆。有誰知道我將如何設置dune.env文件。例如，我是否會創建名爲第一個的列，第二個是env因子1，第三個列是env因子2等等......非常感謝！ – user1886459

是的，dune.env是包含列中變量的data.frame。請注意，這些行必須與丰度數據中的行相對應。 – EDi

嗨。感謝您的幫助，我能夠做到。我還有一個問題。是否應該爲每個組繪製平均環境因子，或者應該爲每個樣品繪製單個環境因子。我以爲我聽到有人說平均值應該被繪製。謝謝！ – user1886459

R基於具有環境向量的cmd函數繪製PCoA

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