graph使用ggord繪製沒有環境向量的PCA結果

Question

我使用ggord圖形包繪製R Vegan繪製的PCA結果。

我想繪製PCA圖形而不添加環境變量。在R素食主義者中，PCA可以被繪製成沒有問題，但是在ggord中，相同的圖形將不起作用。 ggord文檔給出的示例包括用於在PCA圖上繪製矢量的環境數據集的代碼。我想在ggord中繪製出相同的結果，我可以在沒有環境向量的情況下製作素食。

在嚴格的素食者的代碼，使用樣品數據集，其產生的排序圖的我想：

ord<-rda(varespec, scale = TRUE) 
ord 
plot(ord, scaling=3) 

的ggord documentation使用相同的數據集，以產生相同的曲線圖，不同之處在於它包括一個環境數據組：

data(varespec) 
data(varechem) 
ord <- rda(varespec, varechem) 
ggord(ord) 

然而，當我試圖重現該圖未經環（varechem）數據，R給我一個錯誤：

ord <- rda(varespec) 
ggord(ord) 

Error in names(obs)[1:2] <- axes : 
'names' attribute [2] must be the same length as the vector [ 

我也試過包括一個虛擬變量，失敗並給了我一個不同的錯誤。

dummy<-rep(0, 24) 
dummy<-as.data.frame(dummy) 

ord<-rda(varespec, dummy) 
ord 
ggord(ord) 

Error in ord_in$CCA$wa[, axes] : no 'dimnames' attribute for array 

是否有可能在ggord中創建沒有環境數據的圖形，就像素食主義者一樣？如果是這樣，我該怎麼做？

Answer 1

別忘了打字?ggord是找出功能中可用選項的好方法。

試試這個：

library(vegan) 
library(ggord) 

data(varespec) 
data(varechem) 
names(varechem)<-NULL 
ord <- rda(varespec, varechem,scale=TRUE) 
ggo<-ggord(ord,arrow=NULL,ptslab=TRUE,obslab=TRUE) 
ggo 

給出：