cuffdiff 2.2.1帶分割錯誤：11

Question

請給我一些幫助！我一直在爲這個問題苦苦掙扎了很長時間。 我的腳本輸出：

perfect_match_hit生物信息學$ cuffdiff -L重量，TG -p 20 -o cuffdiffOutputS /usr/local/Mus_musculus_UCSC_mm10/Mus_musculus/UCSC/mm10/Annotation/Genes/genes.gtf \ perfect_hits_WT1 .bam，perfect_hits_WT2.bam \ perfect_hits_tKO1.bam，perfect_hits_tKO2.bam，perfect_hits_tKO3.bam 您正在使用Cufflinks v2.2.1，它是最新版本。

[18:30:07]加載參考註釋。

[18:30:13]檢查地圖和確定片段長度分佈。

分段故障：11

我使用袖釦2.2.1，提高1.55.01下自制，OS X 10.10.5和Xcode 7.2。

大部分奇怪的事情是我可以使用cuffdiff，如果我嘗試了一個非常小的.bam文件並且沒有複製，但是如果我嘗試了更大（超過100 MB）或超過1次複製，則不起作用。 我試過升1.58.0,1.59甚至1.60，也是較低版本，失敗。 我的電腦內存爲16 GB 1600 MHz DDR3。所以我不認爲這是記憶能力。

請給我一些想法。現在有點瘋狂。謝謝

Answer 1

嘗試-p 1，是的，我知道它很慢。

Answer 2

嘗試恢復袖釦2.1.1。這解決了程序拋出分割錯誤的問題，它有兩個不同的數據集 - 配對結束和未配對結束。在任何情況下，我現在都不會使用2.2。