如何確定我的R安裝使用哪個矩陣庫？

Question

我在我的大學使用計算機羣集時出現矩陣錯誤，無法在本地計算機上重現。我認爲這可能是由於矩陣庫（BLAS，LAPACK，ATLAS等）的不同所致。我不知道很多關於比我讀過here等這些庫，但我想應該有一個辦法讓R鍵告訴我哪個矩陣庫，它與（它的使用即哪些）安裝，類似於到sessionInfo（）告訴我它正在使用哪個版本的R包。

Answer 1

雖然有可能不是這個明確的一個R函數，也許你可以在shell命令利用（如，file和ldd），以獲得一些線索，而無需在集羣上重建[R也沒有root訪問權限：

(rpath <- Sys.which("R")) 
#   R 
# "/usr/bin/R" 

爲了確保ldd將工作，看看它是什麼類型的文件：

system2("file", rpath) 
# /usr/bin/R: Bourne-Again shell script, ASCII text executable 

如果你的顯示一個實際的可執行文件（例如ELF 64-bit LSB executable, x86-64, ...），那麼跳過這一步。

script <- readLines(rpath) 
script[grepl("/bin/", script)] 
# [1] "#!/bin/bash" 
# [2] "  if [ -x \"/usr/${libnn}/R/bin/exec/R\" ]; then" 
# [3] "  elif [ -x \"/usr/${libnn_fallback}/R/bin/exec/R\" ]; then" 
# [4] "## some systems have a more portable sed, e.g. /usr/xpg4/bin/sed on Solaris," 
# [5] "SED=/bin/sed" 
# [6] "  exec sh \"${R_HOME}/bin/Rcmd\" \"${@}\" ;;" 
# [7] "R_binary=\"${R_HOME}/bin/exec${R_ARCH}/R\"" 

這告訴我，實際可執行文件/usr/lib/R/bin/exec/R（或/usr/lib64/...）。它正在進行一些推斷，但這只是一步。這對於我在Ubuntu上使用R-3.3.2是很有幫助的，所以我只能假設它在不同的操作系統上會類似。如果這不具有信息性，則還可以grep for "/lib"或"/exec"（或者僅檢查整個腳本文件以獲取其他線索）。

一旦你知道通過腳本調用路徑（如果它不是一開始就有一個腳本），找到共享庫的依賴關係：

system2("ldd", "/usr/lib/R/bin/exec/R") 
#   linux-vdso.so.1 => (0x00007ffcfadcd000) 
#   libR.so => /usr/lib/R/lib/libR.so (0x00007f746f615000) 
#   libpthread.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 (0x00007f746f3eb000) 
#   libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007f746f025000) 
#   libblas.so.3 => /usr/lib/libblas.so.3 (0x00007f746eda8000) 
#   libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 (0x00007f746eaa2000) 
#   libreadline.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libreadline.so.6 (0x00007f746e85b000) 
#   libpcre.so.3 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpcre.so.3 (0x00007f746e61d000) 
#   liblzma.so.5 => /lib/x86_64-linux-gnu/liblzma.so.5 (0x00007f746e3fb000) 
#   libbz2.so.1.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libbz2.so.1.0 (0x00007f746e1ea000) 
#   libz.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libz.so.1 (0x00007f746dfd1000) 
#   librt.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/librt.so.1 (0x00007f746ddc9000) 
#   libdl.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2 (0x00007f746dbc4000) 
#   libgomp.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgomp.so.1 (0x00007f746d9b5000) 
#   /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x0000560abd5fa000) 
#   libtinfo.so.5 => /lib/x86_64-linux-gnu/libtinfo.so.5 (0x00007f746d78b000) 

此輸出的第五行表明，R是使用BLAS庫，特別是libblas3。

Answer 2

是有點不夠谷歌搜索？： http://www.stat.cmu.edu/~nmv/2013/07/09/for-faster-r-use-openblas-instead-better-than-atlas-trivial-to-switch-to-on-ubuntu/

Answer 3

的據我所知，沒有一個特定的功能（尤其不要在基礎R），這將使你的BLAS版本。 R很可能會使用系統附帶的標準庫（除非有人使用特定的BLAS版本從源代碼構建）。

你不得不從終端做到這一點，類型

locate libblas.so 

它可能要在/usr/lib/libblas.so或/usr/lib64/libblas.so，地點可能是一個符號鏈接。所以，按照鏈接

ls -l /usr/lib/libblas.so 

如果你想改變的符號鏈接指向一個不同的BLAS庫，你可以做 update-alternatives --config libblas.so.3gf 並選擇要使用的版本。這篇文章更詳細地解釋了它：https://www.r-bloggers.com/for-faster-r-use-openblas-instead-better-than-atlas-trivial-to-switch-to-on-ubuntu/

另一種明確知道你正在使用的版本的方法是安裝你想要的任何BLAS實現 - 例如OpenBLAS，然後用標準R BLAS庫替換符號鏈接到您的新庫。確保用--with-shared-blas選項來安裝R，在這裏解釋：https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-release/R-admin.html#BLAS 然後你只需要：

# navigate to your R directory 
cd …/path-to-R-installation/lib/R/lib 
# backup the original 
mv libRblas.so libRblas.backup 
# create simlink 
ln –s …/path-to-new-0blas-library/new-lib.so libRblas.so