如何在R中將間隔數據合併爲更少的間隔？

Question

我正在嘗試將一系列時間間隔合併成更少的同樣有意義的時間間隔。

考慮例如

Intervals = list(
    c(23,34), 
    c(45,48), 
    c(31,35), 
    c(7,16), 
    c(5,9), 
    c(56,57), 
    c(55,58) 
) 

由於間隔重疊，以相同的間隔可以與幾個矢量來描述間隔的此列表。繪製這些間隔進行明顯的是，4個矢量的列表就足夠了

plot(1,1,type="n",xlim=range(unlist(Intervals)),ylim=c(0.9,1.1)) 
segments(
    x0=sapply(Intervals,"[",1), 
    x1=sapply(Intervals,"[",2), 
    y0=rep(1,length(Intervals)), 
    y1=rep(1,length(Intervals)), 
    lwd=10 
    ) 

我怎樣才能減少我的Intervals名單進行比對劇情顯示的一個同樣的信息？ （性能物質）

用於上述例子中的所希望的輸出是

Intervals = list(
    c(5,16) 
    c(23,35), 
    c(45,48), 
    c(55,58) 
) 

Answer 1

你需要的是在IRanges包reduce功能。與基礎R

In.df <- do.call(rbind, Intervals) 
library(IRanges) 

In.ir <- IRanges(In.df[, 1], In.df[,2]) 

out.ir <- reduce(In.ir) 
out.ir 
# IRanges of length 4 
#  start end width 
# [1]  5 16 12 
# [2] 23 35 13 
# [3] 45 48  4 
# [4] 55 58  4 

Answer 2

一個選項：

首先，我把你的列表中data.frame：

ints <- as.data.frame(do.call(rbind, Intervals)) 
names(ints) <- c('start', 'stop') 

所以它看起來像

start stop 
1 23 34 
2 45 48 
3 31 35 
4  7 16 
5  5 9 
6 56 57 
7 55 58 

現在，有兩個for循環比較與between，並擴大交叉時的時間間隔發現：

for(x in 1:nrow(ints)){ 
    for(y in 1:nrow(ints)){ 
    if(between(ints$start[x], ints$start[y], ints$stop[y])){ 
     ints$start[x] <- ints$start[y] 
     if(ints$stop[y] > ints$stop[x]){ 
     ints$stop[x] <- ints$stop[y] 
     } else { 
     ints$stop[y] <- ints$stop[x] 
     } 
    } 
    } 
} 

從而改變ints到

> ints 
    start stop 
1 23 35 
2 45 48 
3 23 35 
4  5 16 
5  5 16 
6 55 58 
7 55 58 

簡化爲unique案件：

ints <- unique(ints, margin = 1) 

，並把它們爲了

ints <- ints[order(ints$start),] 

留下您與

> ints 
    start stop 
4  5 16 
1 23 35 
2 45 48 
6 55 58 

如果你想讓它回到像原來的列表，

Intervals <- lapply(1:nrow(ints), function(x)c(ints[x,1], ints[x,2])) 

（注：你當然可以用*apply代替for，布爾值，而不是between，和原來的列表做到這一點而不是data.frame，但是，這是可讀的。重寫/優化，只要你喜歡。）