從Linux中形成的文本文件中讀取內容bash

Question

我試圖使用wget和url從數據庫下載文件。例如。

wget的「http://www.rcsb.org/pdb/files/1BXS.pdb」

因此該網址的格式是這樣：http://www.rcsb.org/pdb/files/（$ IDNumber中）.PDB」

但是我有很多要下載的文件，所以我寫了一個bash腳本讀取id_numbers從文本文件，通過wget的形成URL字符串和下載。

!/bin/bash 

while read line 
do 
url="http://www.rcsb.org/pdb/files/$line.pdb" 
echo -e $url 
wget $url 
done < id_numbers.txt 

然而，URL字符串形成爲

.pdb://www.rcsb.org/pdb/files/4H80 

因此，.pdb用http填充。我無法弄清楚爲什麼。有人有想法嗎？ 我該如何格式化它，所以url是

"http://www.rcsb.org/pdb/files/($idnumber).pdb" 

？ 非常感謝。

注意。這個問題被標記爲'如何在bash中連接字符串'的重複？但我其實是在尋求別的東西。我在問這個問題之前先閱讀了這個問題，結果發現我的問題是在Windows中準備txt文件，而不是真正的字符串詭計。我編輯了問題標題。我希望現在更清楚。

Answer 1

試試這個：

url="http://www.rcsb.org/pdb/files/"$line 
$url=$url".pdb" 

欲瞭解更多信息，請How to concatenate string variables in Bash?

Answer 2

的-e回聲選項用於輸出所需的內容，而無需插入新行，你不需要在這裏。

另外我懷疑你的文件包含的ID是畸形的，你在哪個操作系統上創建它？

無論如何，你可以簡化你的腳本是這樣的：

!/bin/bash 

while read line 
do 
    wget "http://www.rcsb.org/pdb/files/$line.pdb" 
done < id_numbers.txt 

我能夠與id_numbers.txt文件成功測試它像這樣產生的：

for i in $(0 9) ; do echo "$i" >> id_numbers.txt ; done 

Answer 3

這聽起來像你id_numbers.txt文件具有DOS/Windows風格的行結束符（回車符後跟換行符）而不是簡單的unix行結束符（只是換行符）。結果是read認爲該行以回車符結束，$line實際上在最後有一個回車符，並且嵌入在url中，導致各種混淆。

有幾種方法可以解決這個問題。你可以有，當你使用它的bash修剪掉變量回車：

url="http://www.rcsb.org/pdb/files/${line%$'\r'}.pdb" 

或者你可以有read告訴它是回車計爲空白（修剪read將削減領先，並從它尾部的空格讀）：

while IFS=$'\r' read line 

或者你可以使用如下命令DOS2UNIX的（或其他等值是您的操作系統）到id_numbers.txt文件轉換。