如何在.sh文件中運行R作業

Question

我正在嘗試運行R腳本。

這些都是從我的[R腳本big2.r

dataa <- read.csv("/home/people/R2/big2.csv") 
write.csv(head(dataa), file="/home/people/R2/head.csv") 

一些行，當我在終端執行R CMD BATCH big2.r，它給了我一個.Rout與head.csv文件一起。

但是當我嘗試，使用我的big2.sh文件提交作業使用qsub big2.sh隊列它不給我一個.Rout文件或head.csv併爲工作和qstat被C standard，然後就不見了。

這是我的sh文件

#!/bin/bash -l 

module load R/3.2.2 
R CMD BATCH big2.r 

我在做什麼錯誤的內容？提交執行R腳本的作業的正確方法是什麼？

當我嘗試#!/usr/bin/r時出現以下錯誤。

-bash: /var/spool/torque/mom_priv/jobs/363059.sonic-head.SC: /usr/bin/r: bad interpreter: No such file or directory

我試着在Bash script: bad interpreter找到了解決辦法，但沒有幫助。

Answer 1

好的嘗試是這樣的：

#!/usr/bin/bash -l 
#PBS -N qsub_R_test 

cd $PBS_O_WORKDIR 
echo We are now in working directory $PWD 
module load R/3.2.2 
R CMD BATCH big2.r 

Answer 2

您可以創建類似（batchR.sh）一個shell腳本：

#!/bin/bash 
#$ -S (your parameter can go here, one line for each) 
#$ -j xyz 

module load R/3.2.2 #in case you specifically need to load R on server node 
R CMD BATCH big2.r 

提交以此爲 的qsub batchR.sh