qsub

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我想在使用qsub的另一個bash腳本中運行bash腳本（因爲我需要在集羣上運行實際問題）。下面是這個問題的演示。我有兩個腳本如下：腳本1： #!/bin/bash -f sh ./script2.sh 腳本2： #!/bin/bash echo "It works fine!" 現在，如果我把這兩個腳本文件夾中，並使用命令sh script1.sh，它會正常工作。但是，如果使用q

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檢查來自qsub的輸出：Sungrid羣集

有辦法檢查提交的作業的輸出。輸出文件的寫入延遲很大，所以我希望能夠看到它們是否有任何問題。我看到PBS有選項-k oe直接將qsub輸出寫入主目錄中的文件，但找不到類似的解決方案。

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確定有多少節點分配給qsub系統中的用戶

有沒有辦法查看有多少節點分配給qsub系統中的用戶（我）？另外，如何查看進程正在使用的節點/內核數量？

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作業崩潰後複製輸出

我有一個模擬羣集運行。我提交作業用qsub腳本，看起來像 #PBS directives #function to copy data copy_data() ... stuff ... ./my_simulation copy_data 但是，如果模擬崩潰的輸出是不可複製回來。我如何處理可執行文件中的錯誤？總的來說，我如何強制這項工作來複制數據？

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從PBS作業中調用python腳本

如何調用python腳本以從pbs作業運行？更多的細節：我目前有以下形狀的PBS文件的工作（這部分完美的作品，不應該被改變）： #!/bin/bash #PBS -N # work name #PBS -q #PBS -l #PBS -S /bin/bash #PBS -m ##PBS -M #my email cd $PBS_O_WORKDIR 我有那麼上面的計算中完成一個

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qsub使用GNU並行運行的作業

我嘗試使用GNU並行執行多節點（2）和20的PPN中的qsub作業，但它顯示出一些錯誤。 #!/bin/bash #PBS -l nodes=2:ppn=20 #PBS -l walltime=02:00:00 #PBS -N down cd $PBS_O_WORKDIR module load gnu-parallel for cdr in /scratch/data/v/mt/

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鏈接陣列PBS作業

我試圖使用PBS高性能計算機作業調度器來鏈接兩個計算作業。我的腳本如下：調用的腳本1.pbs： #!/bin/bash #PBS -N 1 #PBS -q thin #PBS -l walltime=0:03:00 #PBS -l select=1:ncpus=1 #PBS -j oe #PBS -J 1-10 cd $PBS_O_WORKDIR echo 'SCRIPT 1'

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SGE作業3小時後終止

我習慣了扭矩，所以我希望有些Sun SGE大師能夠提供幫助。我無法弄清楚爲什麼我的工作正在終止，接近3小時。這些工作正在被提交給一個空的隊列，而沒有與ROCKS 6.2的新安裝競爭。短於3小時的工作沒有任何問題。這裏的服務器配置（我認爲） [[email protected]]$ qconf -ssconf algorithm default schedule_interval

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爲什麼Torque qsub不會創建輸出文件？

我集羣試圖啓動任務通過扭矩PBS與命令 qsub -o a.txt a.sh 文件a.sh包含一個字符串： hostname 命令的qsub後，我做qstat命令的，這給接下來的輸出： Job ID Name User Time Use S Queue ------------------------- ---------------- ---------------

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如何使用qsub在HPC上使用本地R安裝

我使用的集羣不可能全局安裝特定的R版本。鑑於我建了一個特定版本的R上的文件夾： <generic_path>/R/R-X.Y.Z ，我在本地安裝一些軟件包： <generic_path/R/packages 如何設置，在shell腳本（bash）的，環境變量和別名來運行這個特定的R版本，從本地軟件包目錄加載軟件包？