合併2個data.frames與合併（）產生錯誤：錯誤在sort.list（BX [M $ XI]）

我創建2個數據幀：

x = list("a", "b",1,2) 
m1=matrix(x,2,2) 
colnames(m1) <- c("gene", "fc") 

y = list("A", "B", "C",1,2,3) 
m2 = matrix(y,3,2) 
colnames(m2) <- c("gene", "fc") 

df1 <- as.data.frame(m1) 
df2 <- as.data.frame(m2)

我嘗試使用合併這些數據幀2：

merged <- merge(df1, df2, by=("gene"))

但我得到這個錯誤：

Error in sort.list(bx[m$xi]) : 'x' must be atomic for 'sort.list' Have you called 'sort' on a list?

我做錯了嗎？

來源

2016-05-01 ALejandro

錯誤背後的原因是，在你已經提到dataframes，列被存儲爲list而不是基本數據類型，如整數，數字，字符，等因子

當一個運行此命令，一個對發生了什麼有了一些真正的想法。

> str(df1) 
'data.frame': 2 obs. of 2 variables: 
$ gene:List of 2 
    ..$ : chr "a" 
    ..$ : chr "b" 
$ fc :List of 2 
    ..$ : num 1 
    ..$ : num 2

解決方案：

1）可以存儲dataframes這樣的：

df1 <- data.frame(gene = c('a','b'),fc = c(1,2)) 

df2 <- data.frame(gene = c('a','b','c'),fc = c(1,2,3)) 

merge(df1,df2,by='gene')

來源

2016-05-01 02:05:40

有沒有辦法強迫列表級我的數據的基礎數據？ – ALejandro

是的。有一種方法。但在這種情況下，所有元素將只有一種類型。你可以去'unlist（）'函數 –

@ALejandro;有一點需要注意的是基因在兩個數據框中是不同的情況，因此沒有共同的基因可以匹配。所以先強制降低（或大寫）。然後你可以合併'df2 $ gene < - tolower（df2 $ gene）;合併（lapply（df1，unlist），lapply（df2，unlist），by =「gene」，all = TRUE）'。不過，我會盡量避免將數據放在這樣的格式中。 – user20650

合併2個data.frames與合併（）產生錯誤：錯誤在sort.list（BX [M $ XI]）

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