爲rpy2

轉換Python對象下面的代碼應該在rpy2創建一個熱圖爲rpy2

import numpy as np 
from rpy2.robjects import r 
data = np.random.random((10,10)) 
r.heatmap(data)

但是，它會導致以下錯誤

Traceback (most recent call last): 
    File "z.py", line 8, in <module> 
    labRow=rowNames, labCol=colNames) 
    File "C:\Python25\lib\site-packages\rpy2\robjects\__init__.py", line 418, in __call__ 
    new_args = [conversion.py2ri(a) for a in args] 
    File "C:\Python25\lib\site-packages\rpy2\robjects\__init__.py", line 93, in default_py2ri 
    raise(ValueError("Nothing can be done for the type %s at the moment." %(type(o)))) 
ValueError: Nothing can be done for the type <type 'numpy.ndarray'> at the moment.

從文檔我得知r.heatmap期待「一個數字矩陣」。如何將np.array轉換爲所需的數據類型？

來源

2010-03-15 Boris Gorelik

您需要添加

import rpy2.robjects.numpy2ri 
rpy2.robjects.numpy2ri.activate()

見http://rpy.sourceforge.net/rpy2/doc-2.2/html/numpy.html：

這僅僅導入足以開關 numpy的的自動轉換對象到rpy2對象。

爲什麼使這是一個可選的進口，雖然它可以已列入功能py2ri（）（如在提交該功能原來的補丁做）？

雖然兩者都是有效的，合理的選項，設計決定是爲了從numpy的最脫鉤rpy2，不要以爲在安裝 numpy的自動意味着程序員想用它。

編輯： 隨着rpy2系列2.2.x的，單獨的進口不再是足夠的。轉換需要明確激活。

來源

2010-03-15 13:38:19 unutbu

我有點不確定如何「編輯@lgautier」中提到的「顯式激活」轉換。我遇到了一個類似的問題，在舊版本的rpy2中工作，但似乎在rpy2 2.2.2中損壞。你能提供一個簡單的例子嗎？ – mishaF 2011-07-26 22:10:02

對於將來的讀者：在導入後添加'rpy2.robjects.activate（）'。他們在進口時遇到了副作用問題。 – agf 2011-07-26 23:30:17

@agf：謝謝，agf。 – unutbu 2011-07-27 00:14:55

對於rpy2 2.2.4我不得不添加：

import rpy2.robjects.numpy2ri 
rpy2.robjects.numpy2ri.activate()

來源

2011-11-24 18:29:13 brink

對我來說（2.2.1）下面還工作（如記錄上http://rpy.sourceforge.net/rpy2/doc-2.2/html/numpy.html）：

import rpy2.robjects as ro 
from rpy2.robjects.numpy2ri import numpy2ri 
ro.conversion.py2ri = numpy2ri

來源

2012-06-04 15:42:47 flinz

回答

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