2012-05-02 116 views
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編輯:我的問題類似於C, Open MPI: segmentation fault from call to MPI_Finalize(). Segfault does not always happen, especially with low numbers of processes,所以你回答那一個,而不是那麼好,無論哪種方式。 。 。MPI調試,分段錯誤?

我希望能得到一些幫助調試以下代碼:

int main(){ 
     long* my_local; 
     long n, s, f; 
     MPI_Init(NULL, NULL); 
     MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &comm_sz); 
     MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &my_rank); 

    if(my_rank == 0){ 
     /* Get size n from user       */ 
     printf("Total processes: %d\n", comm_sz); 
     printf("Number of keys to be sorted? "); 
     fflush(stdout); 
     scanf("%ld", &n); 

     /* Broadcast size n to other processes    */ 
     MPI_Bcast(&n, 1, MPI_LONG, 0, MPI_COMM_WORLD); 

     /* Create n/comm_sz keys       
      NOTE! some processes will have 1 extra key if 
       n%comm_sz != 0        */ 
     create_Keys(&my_local, my_rank, comm_sz, n, &s, &f); 
    } 

    if(my_rank != 0){ 
     /* Receive n from process 0       */ 
     MPI_Bcast(&n, 1, MPI_LONG, 0, MPI_COMM_WORLD); 

     /* Create n/comm_sz keys       */ 
     create_Keys(&my_local, my_rank, comm_sz, n, &s, &f); 
    } 

     /* The offending function, f is a long set to num elements of my_local*/ 
     Odd_Even_Tsort(&my_local, my_rank, f, comm_sz); 

     printf("Process %d completed the function", my_rank); 
     MPI_Finalize(); 
     return 0; 
} 

void Odd_Even_Tsort(long** my_local, int my_rank, long my_size, int comm_sz) 
{ 
    long nochange = 1; 
    long phase = 0; 
    long complete = 1; 
    MPI_Status Stat; 
    long your_size = 1; 

    long* recv_buf = malloc(sizeof(long)*(my_size+1)); 
    printf("rank %d has size %ld\n", my_rank, my_size); 

    while (complete!=0){ 
     if((phase%2)==0){ 
      if(((my_rank%2)==0) && my_rank < comm_sz-1){ 
      /* Send right       */ 
       MPI_Send(&my_size, 1, MPI_LONG, my_rank+1, 0, MPI_COMM_WORLD); 
       MPI_Send(*my_local, my_size, MPI_LONG, my_rank+1, 0, MPI_COMM_WORLD); 
       MPI_Recv(&your_size, 1, MPI_LONG, my_rank+1, 0, MPI_COMM_WORLD, &Stat); 
       MPI_Recv(&recv_buf, your_size, MPI_LONG, my_rank+1, 0, MPI_COMM_WORLD, &Stat); 
      } 
      if(((my_rank%2)==1) && my_rank < comm_sz){ 
      /* Send left       */ 
       MPI_Recv(&your_size, 1, MPI_LONG, my_rank-1, 0, MPI_COMM_WORLD, &Stat); 
       MPI_Recv(&recv_buf, your_size, MPI_LONG, my_rank-1, 0, MPI_COMM_WORLD, &Stat); 
       MPI_Send(&my_size, 1, MPI_LONG, my_rank-1, 0, MPI_COMM_WORLD); 
       MPI_Send(*my_local, my_size, MPI_LONG, my_rank-1, 0, MPI_COMM_WORLD); 
      } 
     } 
     phase ++; 
     complete = 0; 
    } 

    printf("Done!\n"); 
    fflush(stdout); 
} 

而我得到的錯誤是:

[ubuntu:04968] *** Process received signal *** 
[ubuntu:04968] Signal: Segmentation fault (11) 
[ubuntu:04968] Signal code: Address not mapped (1) 
[ubuntu:04968] Failing at address: 0xb 
-------------------------------------------------------------------------- 
mpiexec noticed that process rank 1 with PID 4968 on node ubuntu exited on signal 11 (Segmentation fault). 

我困惑的原因是,報表的打印功能仍然顯示之後,但如果我註釋掉這個功能,沒有錯誤。那麼,我在哪裏得到分段錯誤?我遇到了mpiexec -n 2 ./a.out和n大於9的錯誤。

如果您確實需要整個可運行代碼,請告訴我。真的,我希望沒有那麼確切的答案,但更多的是如何使用gdb/valgrind工具來調試這個問題和其他類似的問題(以及如何讀取它們的輸出)。

(是的,我意識到「排序」功能尚未排序)。這裏

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「該功能後的打印語句仍然顯示,但如果我註釋掉該功能,則無錯誤」。這表明你的函數做了錯誤的事情,後來就成了一個錯誤。嘗試在代碼的重要階段放置屏障和打印,並查看執行得到的程度。 – suszterpatt

回答

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問題很簡單,但很難看到,除非你使用調試器或打印出詳盡的調試信息:

看看那裏MPI_Recv被稱爲代碼。應該提供recv_buf變量作爲參數而不是&recv_buf

MPI_Recv( recv_buf , your_size, MPI_LONG, my_rank-1, 0, MPI_COMM_WORLD, &Stat); 

其餘的似乎沒問題。

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啊哈,謝謝!這是否意味着問題的根源是recv_buf是數組本身的地址,而&recv_buf是指針的地址,recv_buf?我的C經驗有限,所以我傾向於混合經常使用的東西。 – NickO

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@NickO是的,正是這種關係。 –