pandoc和rmarkdown：無法獲取高於rmarkdown文檔一級的圖像

我剛開始使用rmarkdown，pandoc和knitr。我有很大的困難，試圖讓pandoc獲取比rmarkdown文檔高一級的圖像。例如，考慮我們的項目目錄〜/測試，下面rmarkdown位於〜/測試/腳本：pandoc和rmarkdown：無法獲取高於rmarkdown文檔一級的圖像

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title: "test" 
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```{r global_options, include=FALSE} 
library('knitr') 
opts_knit$set(root.dir = '~/test') 
``` 

![test](figures/test.svg)

然後我在〜/ test目錄運行命令Rscript -e "rmarkdown::render('scripts/test.Rmd')"。它給我的錯誤：

pandoc: Could not fetch figures/test.svg 
figures/test.svg: openBinaryFile: does not exist (No such file or directory)

我會通過設置root.dir是項目目錄有想到，這pandoc相對於該文件將獲取？但似乎「工作目錄」總是設置爲相對於rmarkdown文檔的位置？任何幫助，將不勝感激。謝謝，

>sessionInfo() 
R version 3.1.0 (2014-04-10) 
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit) 

locale: 
[1] LC_CTYPE=en_CA.UTF-8  LC_NUMERIC=C    LC_TIME=en_CA.UTF-8  LC_COLLATE=en_CA.UTF-8  LC_MONETARY=en_CA.UTF-8 LC_MESSAGES=en_CA.UTF-8 
[7] LC_PAPER=en_CA.UTF-8  LC_NAME=C     LC_ADDRESS=C    LC_TELEPHONE=C    LC_MEASUREMENT=en_CA.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C 

attached base packages: 
[1] stats  graphics grDevices utils  datasets methods base 

other attached packages: 
[1] vimcom_1.0-0 setwidth_1.0-3 colorout_1.0-2 

loaded via a namespace (and not attached): 
[1] tools_3.1.0`

來源

2015-01-12 TinyHeero

如果您從'scripts'目錄內運行腳本，它會工作嗎？ –

不幸的是沒有。當我運行時，cd〜/ test/scripts && Rscript -e「rmarkdown :: render（'scripts/test.Rmd'）」我得到同樣的錯誤。 – TinyHeero

我認爲你應該從'腳本'裏面運行'scripts/test.Rmd'到'test.Rmd' –

Pandoc不知道knitr的root.dir選項。您必須寫入相對於當前工作目錄的路徑，例如../figures/test.svg。或在scripts目錄下運行Rscript。

如果您在使用rmarkdown和knitr剛開始，我強烈建議你不要使用root.dir選項，除非你真的明白是什麼意思。這些目錄可以是really, really tricky。

來源

2015-01-13 01:39:19

這讓我感到困惑。當我從〜/ test目錄運行Rscript -e「rmarkdown :: render（'scripts/test.Rmd'）時，是不是我的工作目錄〜/ test，因爲那是我從哪裏調用的？而且數字是一個文件夾（忘了提及這個）與〜/ test是同一級別的，所以這意味着數字/ test.svg應該正確的路徑，但它不起作用 – TinyHeero

@ user2774754你在R中的工作目錄是〜/〜測試'但是因爲你渲染（'scripts/test.Rmd'）'，我相信rmarkdown會暫時將工作目錄改爲'scripts /'，在這種情況下，你必須使用'../figures/test .svg'。我個人建議用戶在它的目錄下編譯一個Rmd文件，並且認爲所有的路徑都是相對於Rmd文件的目錄。如果你從另一個目錄渲染一個Rmd文件，事情會變得非常棘手。 –

ok我之所以喜歡在Rmd上運行Rscript一個目錄是因爲在實踐中我實際上有一個「包裝器」腳本，它調用Rmd文件。包裝腳本是一個R文件，負責加載所有輸入數據和預處理數據。然後它是rmarkdown :: render（）函數的腳本。所以，當它加載所有的數據時，數據與我稱之爲的地方有關（這是應該發生的事情）。在實踐中，你是否也加載和處理你的Rmd文件中的所有數據？我想知道，所以我知道什麼是正確的做法... – TinyHeero

pandoc和rmarkdown：無法獲取高於rmarkdown文檔一級的圖像

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