快速準確稀疏的svd庫？

我正在尋找一個快速的svd庫，無論是c，C++還是java。最終我使用Java，但我很舒服使用jna來包裝c + +，例如http://github.com/hughperkins/jeigen 快速準確稀疏的svd庫？

我正在尋找一個快速的svd庫，將處理稀疏矩陣。爲了保持這個目標，所以這個問題不會被標記爲過於主觀，讓我們說：

目標與news20.binary使用，例如，從http://mldata.org/repository/data/viewslug/news20binary/
如何快速做才能運行？
保存多少方差，例如對於大小爲6或20的S矩陣？

我看了看周圍的幾個庫，結果發現：

MATLAB：超快，約10秒，但它不是一個真正的「庫」這樣。平均平方預測誤差：0.93
redsvd：超快速，約1秒的運行，爲6點的特性，但平均平方預測誤差爲0.97，這是非常高的
徵的SVD是兩個很慢，只爲密集矩陣
svdlibc：跑了28分鐘才停止它;我想這是計算滿S，而不僅僅是最初的6個功能左右

基本上，我正在尋找，提供有關相同的速度和平均平方預測誤差爲MATLAB，或至少一個庫，有點可比。

2012-10-08 Hugh Perkins

你在找什麼算法？ [隨機PCA]（http://scikit-learn.org/stable/modules/decomposition.html）（不是C++/java，但我認爲正確的算法）爲20個新聞組x 10k功能，6個電腦 - >'7.0秒pca explained_variance_ratio_ .79 .062 .044 .039 .031 .03'。 – denis

我很驚訝Eigen的SVD太慢了。我從未使用過Eigen。自從你上次提出這個問題後，它有所改進嗎？ –

順便說一句，[你打算在JEigen中實現稀疏求解器的時候]（https://stackoverflow.com/questions/17046585/cholmod-in-java/30526005#30526005）？ –

根據我的經驗，svdlibc是這些選項中最好的庫。我之前已經通過它的代碼挖了一下，我不相信它是在計算完整的S矩陣（即它是一個真正的「thin svd」）。如果您可以控制磁盤上的矩陣表示，由於I/O開銷顯着降低，使用稀疏二進制輸入格式時，svdlibc執行速度會快得多。

S-Space Package提供了圍繞SVDLIBC的SVDLIBJ java端口的executable jar。但是，他們發現它對某些輸入解決方案的效果與SVDLIBC不同。

來源

2012-10-30 22:30:03

好的。你知道我怎麼可以請求命令行版本只返回前6個特徵，而不是計算整個矩陣？ –

快速準確稀疏的svd庫？

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