在Python/Cython中的快速n維稀疏數組

我有一個應用程序涉及非常稀疏的大型n維數組。 scipy.sparse有一個有用的'矢量化獲取和設置'功能，因此可以使用Cython快速填充稀疏矩陣。在Python/Cython中的快速n維稀疏數組

當然，scipy軟件包不能處理n維。我發現有兩個軟件包可以在python sparray和ndsparse中執行n維稀疏數組。但是，它似乎沒有矢量化獲取和設置功能。

所以我需要兩種：

Python包用於n維數組與矢量get和set或
稀疏陣列，我可以很容易地用Cython訪問或
一些交流庫「滾你自己的'選項，我想這將需要交流相當於一個python字典

爲我的目的，我認爲映射n維座標回1或2維可以工作。有什麼更好的是有一個字典相當於我可以在Cython循環內快速訪問。我認爲這排除了python dict。

想知道如果有人可以給我一個如何使用從Cython內的c + +地圖對象的例子？

來源

2013-11-21 Neal Hughes

+13

是這樣的問題，當我用'「要求我們不同意推薦或者找到一個工具，圖書館或者最喜歡的非現場資源都是脫離主題的「關閉原因」。這個人顯然做了他的研究，還能做什麼？ –

對不起，我沒有意識到這是一個問題。我想我可以爭辯說，我不只是在圖書館之後，而且還有關於如何自己做這些的技巧。 –

這個密切的原因是因爲毫無價值的「開發人員」，他們不斷髮問，但只是「我如何使用jquery顯示我的代碼plz」來製作zipfile。但在這種情況下，我相信這是一個非常有效的，經過深入研究的問題。 +1。 –

如果您決定使用C dict選項，則可以使用C++ STL的std :: map。您不太可能會發現實現字典/地圖的更快或更健壯的本機代碼。

cppmap.pyx：

# distutils: language = c++ 

cdef extern from "<map>" namespace "std": 
    cdef cppclass mymap "std::map<int, float>": 
     mymap() 
     float& operator[] (const int& k) 

cdef mymap m = mymap() 
cdef int i 
cdef float value 

for i in range(100): 
    value = 3.0 * i**2 
    m[i] = value 

print m[10]

setup.py：

from distutils.core import setup 
from Cython.Build import cythonize 
setup(name = "cppmapapp" 
    ext_modules = cythonize('*.pyx'))

命令行：

$ python setup.py build 
$ cd build/lib.macosx-10.5-x86_64-2.7 
$ python -c 'import cppmap' 
300.0

來源

2013-11-27 11:48:00

在Python/Cython中的快速n維稀疏數組

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