R錯誤的腳本運行的時候，而不是在控制檯

下面的代碼工作正常，在R控制檯（R 3.3.0）：R錯誤的腳本運行的時候，而不是在控制檯

m = system.file("external/pores_1.mtx", package = "Matrix") 
x = Matrix::readMM(m)

我可以把它放在一個腳本它運行R中控制檯細如：

source("test.R")

然而，當我執行它Rscript --vanilla test.R或Rscript test.R，我得到一個錯誤：

Error in validObject(.Object) : 
    invalid class 「dgTMatrix」 object: Not a valid 'Mnumeric' class object 
Calls: <Anonymous> -> new -> initialize -> initialize -> validObject 
Execution halted

我不知道這是否與該特定功能有關。我猜這與Rscript的工作原理有關，但之前我曾與其他各種庫和函數一起使用過，並且從未見過類似的東西。任何想法發生了什麼？

來源

2017-04-07 burger

我不能複製這一點。你確定你正在運行的R與你正在運行的相同版本的Rscript綁定嗎？也許嘗試在腳本中添加'library（methods）'，因爲Rscript默認不加載。 – MrFlick

絕對是R和Rscript（相同'bin'和相同'--version'）的相同版本。 – burger

添加'庫（方法）'工作。發生了什麼？ – burger

我可以確認...我在運行包含致電glmnet()的腳本的腳本時遇到了完全相同的錯誤。我能夠將其追溯回glmnet所依賴的Matrix軟件包。

我從v3.3.3 - > v3.3.2回滾了我的R版本，錯誤消失了。然後我檢查了兩者之間的sessionInfo()，發現Matrix包的版本不同......它是1.2-8（v3.3.3）和1.2-7.1（v3.3.2）。爲了確認，我簡單地用「破碎」版本替換了Matrix（7.1）的「OK」版本，並返回錯誤。

我還可以確認通過library(methods)明確加載方法包可以解決錯誤（某種程度上？），它解釋了控制檯調用和命令行中Rscript調用之間的不同行爲。

因此，我們似乎有2個變通辦法：

library(methods)
回來修訂版的矩陣版本1.2-7.1。

這兩個都不是非常令人滿意......我只是想知道Matrix 1.2-8發生了什麼。也許它會在下一個版本中被修正。

如果你有興趣，這裏是我的sessionInfo()：

R version 3.3.3 (2017-03-06) 
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) 
Running under: Ubuntu 16.04.2 LTS 

locale: 
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8  LC_NUMERIC=C    
[3] LC_TIME=en_US.UTF-8  LC_COLLATE=en_US.UTF-8  
[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 
[7] LC_PAPER=en_US.UTF-8  LC_NAME=C     
[9] LC_ADDRESS=C    LC_TELEPHONE=C    
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C  

attached base packages: 
[1] stats  graphics grDevices utils  datasets base 

other attached packages: 
[1] glmnet_2.0-5 foreach_1.4.3 Matrix_1.2-8 

loaded via a namespace (and not attached): 
[1] codetools_0.2-15 grid_3.3.3  iterators_1.0.8 methods_3.3.3 

[5] lattice_0.20-35

來源

2017-04-07 18:03:34

我也在使用Matrix 1.2-8，所以它現在更有意義。我仍然不知道爲什麼使用Rscript執行有所作爲。 – burger

它有所不同，因爲'Rscript'命令'腳踢'腳本時'方法'沒有附加，但它會在標準R啓動時加載。環境非常接近，但並不完全相同（以前我曾經假設過！）。比較： 'RSCRIPT --vanilla -e 「sessionInfo（）」' 到的r --vanilla（開始R對話）'' sessionInfo（）' 的方法包被安裝在後一種但不前者。 –

感謝澄清！我不知道。我很驚訝'方法'沒有被其他軟件包加載。我最初在加載一些軟件包後遇到了這個問題。 – burger

哦，親愛的。我很漂亮（不是100％！）確定這個問題不應該適用於新版本的R和Matrix。仍然我會聲稱這是而不是一個正確的意義上的矩陣錯誤，而不是'Rscript'與'R'錯誤 - 作爲@Stu字段已經提到; Rscript默認情況下不會將methods程序包附加到search()路徑，但常規的R程序不會。

OTOH，R CMD check Matrix現在應該嘗試運行Matrix，而不將方法包放在搜索路徑中，因此該問題不應出現在Matrix 1.2-9和更新的版本中，即默認從R 3.4.0和更新版本或者如果您有舊版本的R，則更新'Matrix'軟件包。

再次強調一下：您能否確認R 3.4.0（其中包含Matrix 1.2-9「隨附它」）的問題已消失？？

這裏是一個更有用的示例腳本，我叫Rscript-tst.R。運行方式

Rscript --vanilla Rscript-tst.R > Rscript-tst.Rout 2>&1

或（如本人與安裝了很多的R版本中）像

`R-3.4.0 RHOME`/bin/Rscript --vanilla Rscript-tst.R > Rscript-tst.Rout_R340 2>&1

Rscript-tst.R：

options(echo = TRUE)# << even with "Rscript" or --slave ... 
(m <- system.file("external/pores_1.mtx", package = "Matrix")) 
packageDescription("Matrix") 
## This *load*s the Matrix package but does not attach it to search() 
str(Matrix::readMM) 
sessionInfo() 
x <- Matrix::readMM(m) 
## used to fail because 'methods' was not "there" (in Rscript only)

來源

2017-06-08 13:36:00

R錯誤的腳本運行的時候，而不是在控制檯

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