R控制檯與R腳本環境的區別;錯誤與installed.packages（）

我是R新手，我已經花了一段時間在Web上的腳本示例，我碰到一個腳本，有一堆require(<package>)行。而不是寫install.packages(<package>)，我修改劇本這樣：R控制檯與R腳本環境的區別;錯誤與installed.packages（）

package_names <- c('caret', 
       'readr', 
       'xgboost', 
       'ggplot2', 
       'R.utils', 
       'gridExtra', 
       'lubridate', 
       'data.table', 
       'Matrix', 
       'plyr', 
       'Hmisc', 
       'maps', 
       'maptools', 
       'sp', 
       'corrplot') 
for (package_name in package_names){ 
    if (!package_name %in% rownames(installed.packages())) 
     install.packages(package_name) 

    eval(parse(text=sprintf("require(%s)",package_name))) 
}

因此，它會試圖安裝的軟件包，如果沒有安裝它，需要它。但是在執行此爲腳本，導致下面的誤差R演播室：

Error in contrib.url(repos, "source") : 
    trying to use CRAN without setting a mirror 
Calls: <Anonymous> ... withVisible -> eval -> eval -> install.packages -> contrib.url

我不顯式調用contrib.url所以我真的不知道從哪裏開始。

但是我試着複製粘貼這些確切的行，並在命令行R Studio解釋器會話（repl）中運行它們，然後運行並完美地安裝/更新所有這些軟件包。

這引出了一個問題：命令行會話和導致此錯誤的腳本有什麼區別？

來源

2015-09-06 user27886

你是如何運行腳本的？ –

我相信** pacman **包的'p_load'函數會爲您處理所有這些，包括cran回購集。它會使代碼更加簡潔和可讀。 –

順便說一下，通過使用'install.packages（setdiff（package_names，rownames（installed.packages（））））'而不是循環，可以將代碼製作成兩行更具慣用的R代碼。要用變量調用'require'（更好：'library' - 不需要'require'！），使用'require（var，character.only = TRUE）'。你可以使用'invisible（Map（library，package_names，character.only = TRUE））'一次完成所有的包。兩個陳述。 –

設置CRAN鏡腳本，由getCRANmirror()返回的選項，例如當中，

chooseCRANmirror(ind=1)

正如@KonradRudolph建議，更習慣的方法可能是安裝任何遺漏的需求，然後require()所有包。

chooseCRANmirror(ind=1) 
needed = package_names[!package_names %in% rownames(installed.packages())] 
install.packages(needed) 
ok = sapply(package_names, require, character.only=TRUE) 
if (!all(ok)) { 
    bad = paste(package_names[!ok], collapse=", ") 
    stop("failed to 'require' packages: ", bad) 
}

來源

2015-09-06 23:00:39

R控制檯與R腳本環境的區別;錯誤與installed.packages（）

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