我無法分離顯微鏡圖像中的細胞。當我應用分水嶺變換時,我最終將細胞切成許多塊,而不僅僅是在邊界/最小值處分離它們。溢水圖像
我使用http://physics.georgetown.edu/matlab/code.html的bpass過濾器。
bp = bpass(image,1,15);
op = imopen(bp,strel('ball',10,700));
bw = im2bw(bp-op,graythresh(bp-op));
bw = bwmorph(bw,'majority',10);
bw = imclearborder(bw);
D = bwdist(~bw);
D = -D;
D(~bw) = -Inf;
L = watershed(D);
mask = im2bw(L,1/255);
任何想法將不勝感激!你可以看到我的細胞在最後的掩模中被分裂得太多了。
這是我試圖分水嶺的那種形象。這是一張16位圖像,因此看起來全黑。
最終圖像掩碼:
我分開的細胞在此處手動:
對於我們這些不是生物學家的人,也許你可以指出細胞在哪裏。我看到很多部分,但有些僅由一個像素分隔,有些則由幾個像素分隔。它們都是同一個細胞,還是附近有細胞羣? – paddy
@paddy我用紅色分隔單元格。這有幫助嗎? – Ben