2013-08-27 47 views
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我無法分離顯微鏡圖像中的細胞。當我應用分水嶺變換時,我最終將細胞切成許多塊,而不僅僅是在邊界/最小值處分離它們。溢水圖像

我使用http://physics.georgetown.edu/matlab/code.html的bpass過濾器。

bp = bpass(image,1,15); 
op = imopen(bp,strel('ball',10,700)); 
bw = im2bw(bp-op,graythresh(bp-op)); 
bw = bwmorph(bw,'majority',10); 
bw = imclearborder(bw); 
D = bwdist(~bw); 
D = -D; 
D(~bw) = -Inf; 
L = watershed(D); 
mask = im2bw(L,1/255); 

任何想法將不勝感激!你可以看到我的細胞在最後的掩模中被分裂得太多了。

這是我試圖分水嶺的那種形象。這是一張16位圖像,因此看起來全黑。

Starting fluorescent image

最終圖像掩碼:

After filters and masking the cells

我分開的細胞在此處手動:

Manually segmented image

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對於我們這些不是生物學家的人,也許你可以指出細胞在哪裏。我看到很多部分,但有些僅由一個像素分隔,有些則由幾個像素分隔。它們都是同一個細胞,還是附近有細胞羣? – paddy

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@paddy我用紅色分隔單元格。這有幫助嗎? – Ben

回答

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尋找單元的中心應該是比較直接的:找到強度的局部最大值。使用這些點作爲分水嶺的種子,您可能會發現this tutorial有用。

你可能會發現一些有用的種形態操作是:
- imimposemin - 迫使種子點計算分水嶺變換時,是本地分鐘。
- imregionalmax - 找到強度圖像的局部最大值。

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謝謝我會嘗試一下! – Ben