R glmnet：「（列表）對象不能被強制鍵入'雙'」

Question

我試圖在數據集上使用glmnet包。我使用cv.glmnet()獲得glmnet()的lambda值。這裏的數據集和錯誤消息：

> head(t2) 
    X1 X2  X3 X4 X5   X6 X7 X8 X9 X10 X11 X12 
1 1 1 0.7661266 45 2 0.80298213 9120 13 0 6 0 2 
2 2 0 0.9571510 40 0 0.12187620 2600 4 0 0 0 1 
3 3 0 0.6581801 38 1 0.08511338 3042 2 1 0 0 0 
4 4 0 0.2338098 30 0 0.03604968 3300 5 0 0 0 0 
5 5 0 0.9072394 49 1 0.02492570 63588 7 0 1 0 0 
6 6 0 0.2131787 74 0 0.37560697 3500 3 0 1 0 1 
> str(t2) 
'data.frame': 150000 obs. of 12 variables: 
$ X1 : int 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ... 
$ X2 : int 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... 
$ X3 : num 0.766 0.957 0.658 0.234 0.907 ... 
$ X4 : int 45 40 38 30 49 74 57 39 27 57 ... 
$ X5 : int 2 0 1 0 1 0 0 0 0 0 ... 
$ X6 : num 0.803 0.1219 0.0851 0.036 0.0249 ... 
$ X7 : int 9120 2600 3042 3300 63588 3500 NA 3500 NA 23684 ... 
$ X8 : int 13 4 2 5 7 3 8 8 2 9 ... 
$ X9 : int 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 ... 
$ X10: int 6 0 0 0 1 1 3 0 0 4 ... 
$ X11: int 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... 
$ X12: int 2 1 0 0 0 1 0 0 NA 2 ... 
> cv1 <- cv.glmnet(t2[,-c(1,2,7,12)], t2[,2], family="multinomial") 
Error in lognet(x, is.sparse, ix, jx, y, weights, offset, alpha, nobs, : 
    (list) object cannot be coerced to type 'double' 

我不包括列1,2,7,12，因爲它們是：id列，列響應，包含NA的，並且包含NA的。任何建議都會很棒。

Answer 1

cv.glmnet需要一個預測器矩陣，而不是數據幀。一般來說，你可以通過

X <- model.matrix(<formula>, data=<data>) 

但在你的情況下取得這樣，你也許可以用

X <- as.matrix(t2[,-c(1,2,7,12)]) 

那裏更容易，因爲你似乎沒有任何因素的變量或可能複雜化等問題事項。

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由於該答案是越來越大量的命中：所述glmnetUtils package提供了基於公式的接口glmnet，像用於至多r建模功能。它包括方法glmnet和cv.glmnet，以及一個新的cva.glmnet函數爲alpha和lambda進行交叉驗證。

以上將成爲

cv.glmnet(X2 ~ ., data=t2[-1], family="multinomial") 

NA的自動處理，所以你不必與缺失值排除列。