是否有可能在多個處理器上運行spatstat函數

Question

我很好奇，知道是否可以在機器上的多個處理器上運行像信封或MAD測試這樣的spastat函數以加速計算？有沒有任何文件或教程來做到這一點？

謝謝。

Answer 1

不幸的是，並行化不是spatstat， 不可分割的一部分，而是留給用戶。對於信封和MAD測試，最簡單的 選項可能會在每個核心上運行envelope以及更少數量的 實現，然後使用 pool.envelope合併結果。如何並行運行envelope可能取決於您的 設置。一個簡單的可能性是使用parallel::mclapply我知道 作品了在Linux上的方塊，但更好的跨平臺 替代品的包裝肯定可在CRAN：

library(spatstat) 
ppplist <- replicate(4, cells, simplify = FALSE) 
envlist <- parallel::mclapply(ppplist, spatstat::envelope, savefuns = TRUE, nsim = 10) 
envfinal <- do.call(pool, envlist) 
envfinal 
#> Pointwise critical envelopes for K(r) 
#> and observed value for 'X[[i]]' 
#> Obtained from 40 simulations of CSR 
#> Alternative: two.sided 
#> Significance level of pointwise Monte Carlo test: 2/41 = 0.0488 
#> ..................................................................... 
#>  Math.label  Description          
#> r r    distance argument r        
#> obs hat(K)[obs](r) observed value of K(r) for data pattern   
#> theo K[theo](r)  theoretical value of K(r) for CSR     
#> lo hat(K)[lo](r) lower pointwise envelope of K(r) from simulations 
#> hi hat(K)[hi](r) upper pointwise envelope of K(r) from simulations 
#> ..................................................................... 
#> Default plot formula: .~r 
#> where "." stands for 'obs', 'theo', 'hi', 'lo' 
#> Columns 'lo' and 'hi' will be plotted as shading (by default) 
#> Recommended range of argument r: [0, 0.25] 
#> Available range of argument r: [0, 0.25]