繪製圖G =（V，E）in R

Question

我想通過ggplot或者一些R內置函數在R中繪製標準G =（V，E）圖。

我有一個包含一個數據幀的頂點座標：

> V 
     x  y 
1 589.3438 6422.883 
2 8762.6921 7789.147 
3 7973.0883 4552.745 
4 4100.8408 8108.702 
5 6049.3329 6547.239 

和零一個對稱矩陣表示邊緣：

> E 
     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] 
[1,] 0 0 0 1 0 
[2,] 0 0 1 0 1 
[3,] 0 1 0 0 1 
[4,] 1 0 0 0 1 
[5,] 0 1 1 1 0 

我使用繪製頂點：

plotGraph <- function() { 
    qplot(x, 
     y, 
     data=V, 
     xlim=c(0,SIZE), 
     ylim=c(0,SIZE), 
     main="Graph" 
) 
} 

我怎樣才能在同一個圖上繪製圖形邊緣？或者我如何繪製從（x1，y1）到（x2，y2）的單個邊？

任何幫助，將不勝感激。

Answer 1

編輯（2017年7月7日）：

既然我已經回答了這個問題本來，一個新的和改進的網絡/圖形繪製包，ggraph，已經公佈了，我認爲它應該取代選項下面，讓我編輯我的答案添加ggraph選項：

首先，位操作來獲得頂點和邊作爲IGRAPH圖形對​​象：

library(igraph) 
library(tidyverse) 
library(ggraph) 

V <- read.table(text = "x  y 
         589.3438 6422.883 
         8762.6921 7789.147 
         7973.0883 4552.745 
         4100.8408 8108.702 
         6049.3329 6547.239", 
    header = T) %>% 
    rownames_to_column("name") 

E <- matrix(c(0, 0, 0, 1, 0, 
       0, 0, 1, 0, 1, 
       0, 1, 0, 0, 1, 
       1, 0, 0, 0, 1, 
       0, 1, 1, 1, 0), nrow = 5, byrow = T) %>% 
    data.frame() %>% 
    rename_all(list(function(x) 1:5)) %>% 
    rownames_to_column(var = "from") %>% 
    gather(to, val, 2:6) %>% 
    filter(val == 1) %>% 
    select(from, to) 

g <- graph_from_data_frame(E, vertices = V, directed = F) 

現在來ggraph魔術。爲了說明它的強大功能，我混合並匹配了各種邊緣和節點geom s，以提供ggraph可能的示例。

ggraph(g) + 
    geom_edge_link() + 
    geom_node_label(aes(label = name)) 
#> Using `nicely` as default layout 

ggraph(g) + 
    geom_edge_arc() + 
    geom_node_point() 
#> Using `nicely` as default layout 

ggraph(g) + 
    geom_edge_diagonal() + 
    geom_node_text(aes(label = name), color = "blue") 
#> Using `nicely` as default layout 

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原始回答：

如果使用igraph是一個選項，我會推薦它。使用圖表時，這是一個非常有用的軟件包。這是我會怎麼使用的igraph做到這一點：

library(igraph) 

# convert V to a matrix and E to a graph 
V <- data.matrix(V) 
g <- graph_from_adjacency_matrix(E, mode="undirected") 

plot.igraph(g, layout = V) 

另外，如果你想有一個ggplot味的方法，你可以使用ggnet2從GGally包：

library(GGally) 

V <- data.matrix(V) 
# with ggnet2 you don't have to convert E to a graph 

ggnet2(net = E, mode = V)