使用glmer作嵌套數據

Question

我有關於跨緯度感染特定寄主物種的病原體多樣性的數據。該設計涉及在不同緯度的4個地點的3個地點收集20個人，因此我有20個人，嵌套在3個地點，嵌套在4個地點。

鑑於我的病原體多樣性數據是具有許多零點的計數數據，這就是爲什麼我一直在探索使用GLMM與R中的lme4::glmer命令來分析數據。爲了進行分析，我想將緯度視爲數字固定因子，並將網站視爲與位置嵌套的隨機因子。

對於我的完整的模型我已經建立了我的命令，如下所示：

glmer(pathogen.richness~latitude+(site|location),data=my.data, 
     family="poisson") 

這是正確的語法爲我描述？

謝謝！

Answer 1

你可能想

glmer(pathogen.richness~latitude+(1|location/site), 
    data=my.data,family="poisson") 

然而，你可能會碰到試圖將位置的僅4個地點隨機效應的問題，所以你可能更喜歡

glmer(pathogen.richness~latitude+location+(1|location:site), 
    data=my.data,family="poisson") 

（即使位置在概念上是隨機效應，但將其作爲固定效應進行擬合可能更實際）。

不要忘記檢查過度分散;處理這一種方法是增加一個觀察級隨機效應：

transform(my.data,obs=factor(seq(nrow(mydata))) 
update(prev_model,.~.+(1|obs)) 

有關更多信息，請參見http://glmm.wikidot.com/faq和http://glmm.wdfiles.com/local--files/examples/Banta_2011_part1.pdf。