python中有沒有好的層次聚類軟件包需要距離矩陣？

Question

我有一個由成對的levenshtein距離組成的距離矩陣。我正在使用scikits-learn。但是層次聚類算法並沒有將距離矩陣作爲聚類的輸入。所以我必須尋找一個可以做到這一點的新套件。

是否有任何快速且經過良好測試的軟件包用於分層聚類？

Answer 1

的scipy.cluster.hierarchy.ward函數（用作後備實施sklearn的Ward當不需要連通約束）可以接受既觀察和預先計算的距離（參見​​更多細節）。它只是在sklearn的API中尚未公開。