Python中的層次聚類問題

我正在用相關距離度量（即1-皮爾森相關）對2維矩陣進行層次聚類。我的代碼如下（該數據在一個名爲「數據」變量）：Python中的層次聚類問題

from hcluster import * 

Y = pdist(data, 'correlation') 
cluster_type = 'average' 
Z = linkage(Y, cluster_type) 
dendrogram(Z)

我得到的錯誤是：

ValueError: Linkage 'Z' contains negative distances.

是什麼原因導致這個錯誤？矩陣「數據」，我用很簡單：

[[ 156.651968 2345.168618] 
[ 158.089968 2032.840106] 
[ 207.996413 2786.779081] 
[ 151.885804 2286.70533 ] 
[ 154.33665 1967.74431 ] 
[ 150.060182 1931.991169] 
[ 133.800787 1978.539644] 
[ 112.743217 1478.903191] 
[ 125.388905 1422.3247 ]]

我不知道怎麼走1個時pdist所能產生負數 - 皮爾森相關。對此有何想法？

謝謝。

來源

2010-05-30 user248237dfsf

有一些可愛的浮點問題正在進行。如果你看看pdist的結果，你會發現它們中有非常小的負數（-2.22044605e-16）。從本質上講，它們應該是零。如果你願意，你可以使用numpy的剪輯功能來處理它。

來源

2010-05-31 00:10:16

我嘗試以下但它沒有工作：＃使用「相關」 Y =剪輯從pdist計算Y（Y，0，1），我得到的矩陣I上面表明的聚類是非常奇怪的。任何想法可能發生什麼？這隻會發生在'關聯'作爲pdist的參數。 – user248237dfsf 2010-05-31 03:42:25

您可以嘗試使用類似'Y [abs（Y）<3e-16] = 0.0'的東西，因爲您也有一些非常小的正距離。有時像這樣的數字可以真正拋棄。坦率地說，我沒有太多的使用聚類模塊的經驗。它可能與使用'平均'的集羣類型可能有關嗎？ – 2010-05-31 04:20:48

Python中的層次聚類問題

回答

相關問題