打印序列比對文件

Question

我做pairwiseAlignment一個簡單的成對DNA序列比對從Biostrings包在Bioconductor的：

library('Biostrings') 
seq1 = 'ATGCTA' 
seq2 = 'ATGTA' 
pairwiseAlignment(pattern = seq1, subject = seq2) 

輸出如下所示：

Global PairwiseAlignedFixedSubject (1 of 1) 
pattern: [1] ATGCTA 
subject: [1] ATG-TA 
score: -4.091219 

對於很長的序列，輸出被截斷，只顯示一行：

Global PairwiseAlignedFixedSubject (1 of 1) 
pattern: [1] AT-------------------------------------------------...----------------TGTCTTCCAKATCTGGCGCGCCTGGGTTGATATC 
subject: [1] ATTGGCGGCCGCGCCACCATGCCAGAGCCAGCGAAGTCTGCTCCCGCCCCG...GAAGGCTGTATGCTGTTGTCTTCAAGATCTGGTACCGCTGGGTTGATATC 
score: -29418.8 

如何輸出完成對齊文本文件？

Answer 1

以下是bioconductor郵件列表上討論的鏈接。到目前爲止，沒有簡單的方法可以打印格式化的對齊方式，但也許值得實施。

https://stat.ethz.ch/pipermail/bioconductor/2012-April/044904.html

Answer 2

我認爲，從Biostrings包裝R函數printPairwiseAlignment()是專門做這個，我想像你正在尋找的方式。