bioconductor

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我嘗試繪圖與ggraph包樹狀圖，但它的確定與geom_edge_diagonal()但與geom_edge_elbow() 包 library(phyloseq) library(igraph) library(ggraph) 獲取數據文件ps.rds在這裏可用 https://github.com/spholmes/F1000_workflow/tree/master/data ps

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從隨機標記數據幀的行中創建因子向量

我有一個110行的數據框，它是來自微陣列實驗表達式集對象的pData。我想創建一個2級因子向量，隨機分配給行（代表實驗樣本）。例如，如果在實驗中有110行對應於110個主題，我希望將55行設置爲「G0」，將55設置爲「G1」。這些組用於後續功能。我目前想這是一個函數內包裹下面我想修改： # makes a numeric vector of the number of subjects/rows

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ggtree中的getSubtree函數，沒有這樣的函數

我已經安裝了ggtree包v1.8.2，並且我想使用getSubtree函數。不過，我得到一個錯誤suprising :)：錯誤getSubtree（）：找不到功能「getSubtree」即使我看到Rstudio幫助機能的研究作爲ggtree包的成員和正如它在軟件包描述中提到的：https://bioconductor.org/packages/release/bioc/manuals/ggt

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TCGABiolinks錯誤：名稱（y）< - 1：長度（y）：'名稱'屬性[2]中的錯誤長度必須與向量[0]的長度相同

任何有關爲什麼我會收到錯誤在TCGABiolinks中運行標準化步驟？

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如何在我的R功能中使用特定於平臺的軟件包

我的R軟件包具有使用另一個軟件包（foo）中的函數（bar）的函數（my_func），該函數只能在Unix上使用。所以，我寫我的代碼這樣，繼suggested packages in Writing R extension： my_func = function(){ .... if (requireNamespace("foo", quietly = TRUE)) { fo

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特拉維斯未能對R BIOC包中使用新的乳膠格式

我有一個Bioconductor的包，我們正在向最後一個版本編譯的護身符，我特拉維斯過程中不被丟失的風格字體的錯誤：beramono.sty： https://travis-ci.org/lpantano/isomiRs 創建暈影的包裝是BiocStyle和它們引入這種依賴性： https://github.com/Bioconductor/BiocStyle/search?utf8=✓& q =

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達到最大數量的DLL

當我嘗試加載新庫時，在R中出現此錯誤。 Installation failed: unable to load shared object 'C:/R/R-3.4.0/library/curl/libs/x64/curl.dll': `maximal number of DLLs reached... 這與curl無關，它可能是任何庫。我sessionInfo看起來象下面這樣： R

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計算給定的一段核苷酸拉伸的核苷酸頻率

我有一個xyz.txt文件，其格式如下。 AATGCC AAGAAA AAGGAA AAGGTA AAGCAG AAGCGA 所有我想做的事就是上傳中，我做了這個命令R環境： library(Biostrings) string <- read.table("/home/Folder/MY_FOLD/MYZ/mp.txt") 現在因爲我想通過這個命令來獲得四種核苷酸序列的頻率： st

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mas5正常化錯誤：無法找到函數的繼承方法

目標：mas5正常化數據。問題：當我嘗試以下方法R代碼裏面，我得到這個 error: unable to find an inherited method for function bg.correct for signature ExpressionFeatureSet, character 我有這麼看着，發現以下幾點：What does this mean: unable to find

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作爲grob捕獲complexheatmap的輸出？

ComplexHeatmap作爲一種情節類型，它是一種神像發送工具，與熱圖相關。作爲multipanelfigure的作者之一，我不能找到一個直接的解決方案來捕獲grid::grob對象中生成的熱圖輸出，以便於將其包含在由multipanelfigure生成的科學化合物圖中。任何指針？荷蘭Joh