從Illumina BaseSpace下載數據

我希望能夠以fastq格式從BaseSpace下載數據。我知道你可以通過瀏覽器下載數據，但是我想用Linux命令行來完成。從Illumina BaseSpace下載數據

我已經尋找到創造一個API，但我沒有與任何任何經驗...

有沒有一種簡單的方法來實現這一目標？

2014-06-10 Fingashpitzzz

你能發表你如何使用瀏覽器做到這一點嗎？ fastaq格式的檔案有任何網址嗎？如果是這樣，你可以嘗試wget – Llopis

@Llopis，通過瀏覽器完成它的方式在[this link]中描述（https://support.basespace.illumina.com/knowledgebase/articles/145775下載-的fastq - 文件 - 從 - 使用最文件 - 項目）。我知道我可以使用'wget'來下載東西。我已經嘗試過這種方法，但它不起作用 – Fingashpitzzz

然後你有[this]（https://developer.basespace.illumina.com/）選項並構建你自己的腳本，它們已經有了[API]（https： //developer.basespace.illumina.com/docs/content/documentation/rest-api/api-reference）。 [This thread]（https://groups.google.com/forum/#!searchin/basespace-developers/A$20more$20gentle$20introduction$20to$20the$20python$20API/basespace-developers/jj7-IPXDgCY/hj8JYFMhwscJ ）似乎特別有趣 – Llopis

有basemount - 由Illumina開發的工具 - 簡化您想要做的事情。使用basemount，我可以將我的BaseSpace Sequence Hub安裝在我的Linux機器中。

舉例來說，當我運行：

mkdir BaseSpace  
basemount BaseSpace

我與我的BaseSpace賬戶的網站上展示的一個相同的目錄結構的一個文件夾（BaseSpace）。然後，從BaseSpace文件複製到我的本地機器上，我只是做：

cp BaseSpace/path/to/file/fileName /path/in/local/machine/

請看看documentation如何安裝basemount和登錄到您的帳戶BaseSpace。

來源

2017-05-03 14:02:12 Marcelo

感謝您的回答。我們在過去幾個月已經實施了這種方法 – Fingashpitzzz

我使用的API做同樣的事情，但這裏的腳本似乎是同一事物的一個用戶友好的包裝：

https://github.com/nh13/basespace-invaders

它要求當你選擇，你收到的憑證在https://developer.basespace.illumina.com/上「創建新應用程序」;這並不困難，上面的github的README頁面有一些說明。

來源

2014-09-11 17:08:56 mariogiov

從Illumina BaseSpace下載數據

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