從R輸出NMDS排序解釋

我進行了NMDS分析並繪製了輸出結果。但是，我不確定如何實際報告R的結果。以下輸出中哪些部分最重要？生成的圖表也顯示了兩個明確的組，你應該如何描述這些結果？從R輸出NMDS排序解釋

MDS.out 

Call: 
metaMDS(comm = dgge2, distance = "bray") 

global Multidimensional Scaling using monoMDS 

Data:  dgge2 
Distance: bray 

Dimensions: 2 
Stress:  0 
Stress type 1, weak ties 
No convergent solutions - best solution after 20 tries 
Scaling: centring, PC rotation, halfchange scaling 
Species: expanded scores based on ‘dgge2’

來源

2014-02-08 user3170629

我認爲最好的解釋只是一個主成分的陰謀。你可以使用plot和text提供的vegan包。在這裏我創建一個ggplot2版本（以獲得正常的傳說）：

enter image description here

library(vegan) 
library(ggplot2) 
data(dune) 
ord = metaMDS(comm = dune) 
ord_spec <- scores(ord, "spec") 
ord_spec <- cbind.data.frame(ord_spec,label=rownames(ord_spec)) 
ord_sites <- scores(ord, "sites") 
ord_sites <- cbind.data.frame(ord_sites,label=rownames(ord_sites)) 
ggplot(data=ord_spec,aes(x=NMDS1,y=NMDS2)) + 
    geom_text(aes(label=label,col='species')) + 
    geom_text(data=ord_sites,aes(label=label,col='sites'))

來源

2014-02-08 11:22:58 agstudy

信息的最重要的部分是應力= 0，這意味着適合的纔是完整和仍有沒有收斂。如果您有兩個維度的觀察值爲六個或更少，或者您有退化數據，則會發生這種情況。在這些情況下，您不應該使用NMDS。當前版本的素食主義者將發出接近零壓力的警告。也許你有一個過時的版本。

來源

2014-02-09 14:09:38

從R輸出NMDS排序解釋

回答

相關問題