字符串中位置字母的頻率

Question

我想計算跨字符串的每個位置處的4個字母的頻率。該字母是A，T，G，C

TGAGGTAGTAGTTTGTGCTGTTAT 
TAGTAGTTTGTGCTGTTA 
TGAGGTAGTAGTTTGTAC 
TGAGAACTGAATTCCATAGG 

所需的輸出：

Pos1 Pos2 Pos3 and so on. 
A 0  1 
T 4  0 
C 0  0 
G 0  3 

到目前爲止，我已經使用的R包叫做Biostrings，它的工作原理，但我不知道的Perl會做到這一點？

Answer 1

對於記錄，用於

x = "TGAGGTAGTAGTTTGTGCTGTTAT 
TAGTAGTTTGTGCTGTTA 
TGAGGTAGTAGTTTGTAC 
TGAGAACTGAATTCCATAGG" 

一個Biostrings溶液是

library(Biostrings) 
consensusMatrix(DNAStringSet(strsplit(x, "\n")[[1]])) 

這將是快速數以百萬計的序列。