從Jython腳本調用Java（ImageJ插件BoneJ）

Question

**對不起，我對python和java都很陌生，所以我可能不會意識到這已被回答，只需要根據我的情況進行調整。

本質上，我有一個腳本管理器，在Python環境中運行，我需要將數據傳遞給bonej插件進行分析，然後應該返回一個數組，然後由另一個python腳本用於進一步分析。

我被引導到jython作爲一種方式來做到這一點，但我無法弄清楚如何導入imageJ，就好像它是一個模塊。

我知道我可以簡單地從命令行打開imagej並指示它分析圖像，但這不是我所需要的，因爲它只是返回一段骨骼中的平均值。

基本上我需要告訴imagej它應該分析這段骨骼，返回數組，然後是下一段骨骼。一個額外的python腳本將數組插入到預定義的背景網格中。

如果任何人有一些關於如何從jython實現這個back和fort的見解，我將不勝感激。

Answer 1

你確實可以使用Jython來調用ImageJ。請參閱斐濟wiki上的Jython scripting頁面，以獲取概述和大量示例代碼。從ImageJ開始的一種簡單方法是使用Script Editor。然後，您可以使用ImageJ啓動器[instructions]從命令行調用您的Jython腳本。或者，您可以通過可執行文件adding the needed Java libraries to the classpath運行它們。

但要小心：這個does not provide total integration between Python libraries and Java ones。問題是許多Python庫都由C代碼支持，使得它們只能從CPython訪問，而不能從Jython訪問。例如，非常流行的SciPy和NumPy庫不能直接從Jython代碼中調用。