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我知道這可能是一個晦澀的使用PHP，但我正在研究一個想法，以相當有趣的方式瀏覽人類基因組。我可以用php解析hg19.2bit嗎？
問題是我需要知道我是否可以編寫一個php腳本來解析可用的數據，如果是的話我將如何開始？有沒有任何PHP腳本來做到這一點？
A
回答
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我建議創建一個數據庫設計（MySQL），它包含您想要在PHP應用程序中探索的數據的子集。
然後找到一種方法將數據上傳到該數據模式。對於上傳部分，您可以使用比您選擇的PHP更強大的語言，它可以是C＃，F＃，Haskell或其他。
這種分離將有助於簡化事情，而不僅僅是在PHP中完成。
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這不是一個PHP應用程序，當然想法是將數據存儲在像mySQL這樣的數據庫中。問題是我如何去解析使用PHP的HG19.2bit文件。 – T9b
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你必須寫一個分析器，但應該是相當簡單： http://jc.unternet.net/genome/2bitformat.html
而且在Perl的例子：http://www.perlmonks.org/?node_id=672251
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我到了那裏，但不完全。我可以在php中使用'unpack（）'，但文件大小接近800MB。 – T9b
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你可能想看看來自php-reader項目的Zend IO Reader。我自己也沒有玩過，但它聽起來像它會做的伎倆：http://code.google.com/p/php-reader/source/browse/trunk/src/Zend/Io/Reader.php和http://code.google.com/p/php-reader/ –
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