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如何將大型生物格式文件轉換爲可異步訪問寬度的類數據庫文件JavaScript

優點！我有一個可視化項目，將生物數據呈現給canvas圖表，其中我使用名爲jgv.js（doc API）的javascritp框架來生成畫布。這裏有一個簡單的配置演示： <!DOCTYPE html> <html lang="en"> <head> <meta charset="UTF-8"> <title>IGV Data Vis</title> <link

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如何創建由另一個文件中的值定義的間隔文件 - 用於WGS數據的圓圈成像

我想用circos軟件描述我的寄生蟲的全基因組序列（WGS）數據。我想描述的一個要素是參考基因組的區域，對此我沒有來自寄生蟲的測序數據。我爲了做到這一點，我已經使用Samtools創建mpileup文件，從我所提取的位置處的序列深度= 0。因此，我有，看起來像這樣一個文件： $chromosome_name $chromosome_position $depth chr_1 1 0 chr

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是否有可用的嵌合序列檢測的任何開放源代碼工具？

是否有用於檢測和從16S，WGS除去嵌合序列的任何工具，WTS以外USearch序列。另一種方法應該是開源的，這樣它可以被用於商業用途。

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用Plink提取個人。錯誤：--keep文件第1行的令牌數少於預期

我有1000個基因組項目的2504個個人的文件，我想按羣體過濾。我做了以下的第一羣體（ACB）： plink --file all1000gen --keep indACB.txt --make-bed --out all1000genACB 但它給回了以下錯誤： Error: Line 1 of --keep file has fewer tokens than expected. 我i

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子集數據幀具有不同長度的另一個數據幀

我有相互作用由染色體（CHR）表示染色體對一個數據幀，和位置（POS），如下所示： >>>import pandas as pd >>>df1 chr1 pos1 chr2 pos2 chr1 54278 chr13 68798 chr1 32145 chr7 1248798 ... [162689366 rows x 4 columns] 在真實數據組，這些被分選通過c

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MySQL上的值的平均重複值

我正在使用MySQL處理基因組數據庫，並且我必須爲每個基因取平均數量的轉錄本（每個表中的條目）（標記在其自己的列上，因此每個轉錄本相同的基因具有相同的數字）。例如： transcript_name CHR開始結束外顯子gene_name 我這個代碼試過，但沒有工作： mysql> SELECT Avg(COUNT(*) FROM refGeneshg GROUP BY name2); 我怎麼

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我在哪裏可以下載GenomeDiagram？

我試圖安裝GenomeDiagram但在我訪問這個網站 https://pypi.python.org/pypi/GenomeDiagram/0.1 我什麼都看不到......

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高效代碼映射中的R

您好基因型矩陣欲基因型的矩陣轉換，編碼爲三元組來編碼爲0，1，2的矩陣，即 c(0,0,1) <-> 0; c(0,1,0) <-> 1; c(0,0,1) <-> 2 首先下面是一些代碼，以生成需要減少的矩陣。 # generate genotypes expand.G = function(n,p){ probs = runif(n = p) G012.rows =

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RealmSwift也要求Realm也

我正在將一個項目遷移到Swift 3，並遇到了RealmSwift（2.6.1）和Genome（3.2.0）的一些問題。我得到在Xcode是說我需要這些inits的境界錯誤： required convenience init(realm: RLMRealm, schema: RLMObjectSchema) { self.init(realm: realm, schema: schem