P值有效性

Question

我已經完成了DNA甲基化數據的統計分析，我已經寫了我的報告，但被我的顧問拒絕了，因爲他希望我在論文中做一些改動。

一個問題，我無法回答，因爲我真的不明白它與p值有關。

在分析過程中，我使用我在R中編寫的代碼進行置換測試，其中樣本進行1000次混洗，並計算p值。但是我的教授問我「如何知道p值的有效性，錯誤模型是什麼？」

我無法迴應，因爲我不知道他的真正含義，但我最近在閱讀有關排列測試的內容，但無法得到答案。

任何人都可以幫助我理解這個問題嗎？

Answer 1

只要您的null指定正確，排列測試總是有效的。也就是說，你的病例和對照樣本都是空的。爲了驗證這一點，您可以在一些經驗無效模型下查看您的DNA甲基化數據（例如，計算兩個對照組的p值都不存在任何甲基化）。在空值下，p值應該是均勻分佈的，這可以通過查看QQ圖確認。但我也建議直接詢問你的教授他的意思。