Perl grep兩個數組

我有一個數組填充了短字符串（@pos）和另一個更大的數組（@exome）。我想從第一個字符串中搜索第二個數組。我們的目標是從打印@exome有符合所有行Perl grep兩個數組

林用perl這是我迄今爲止

#!/usr/bin/perl 
use strict; use warnings; 

my $pos = $ARGV[0]; 
my $exome = $ARGV[1]; 

open (F, "$pos") || die "Could not open $pos: $!\n"; 
my @pos = <F>; 
close F; 

open (F, "$exome") || die "Could not open $exome: $!\n"; 
my @exome = <F>; 
close F; 

foreach (@pos) { 
    my @out = grep(/$_/, @exome); 
    print @out 
}

來源

2013-04-05 von Mises

什麼是你的問題？ – mob 2013-04-05 17:28:55

@JoeFrambach：這不是問題。你的問題是什麼？ – Borodin 2013-04-05 18:16:57

我想@ikegami已經給出了一個相當不錯的答案，不過，他似乎要獲得在打印的內容陣列錯誤......也許@ user2249959希望@exome陣列打印... 所需的核心代碼不超過兩行：

my $grep_pos = join '|', @pos; 
my @matched_results = grep { /$grep_pos/ } @exome;

好了，你可以在第二行立即打印出來，但不會有在元素之間的空白陣列。兩個foreach循環看起來不像Perl，只是我個人認爲...

P.S.我添加了三點要注意
1.小心看不見的「\ n」或「\ r \ n」
2.請注意每個字符串開頭和結尾處的空格。
您可以用簡單的代碼解決了以上兩點，例如：

map { chomp; s/^\s*|\s*$// } @pos;

這將刪除「\ n」（如果有），並在前面或在年底空格（如果你認爲無意義）。在grep之前做它
3.更重要！注意@pos數組文件中的空白行！
如果你的文件是這樣的：

pos_1 
pos_2 
<---- totally blank 
pos_3

如果你還加入了線加上「|」，它將成爲「POS_1 | POS_2 || pos_3」，這意味着在任何@exome將匹配。（因爲「||」的）
格格或S ///不會幫助，你有自己跳到這行
只是要小心:)

來源

2013-04-05 18:21:28 noalac

謝謝。但這似乎不是如果有任何字符後的字符串匹配這就是如 POS工作：外顯子組： 1234AB 將不匹配。 AB1234會。有任何想法嗎？ – 2013-04-05 20:43:52

@ user2249959，也許我知道發生了什麼事。這是我的猜測：你是否從文件中讀取數組pos和exome？然後1234實際上應該像「1234 \ n」，它的尾部包含一個不可見的字符。因此「1234AB \ n」不匹配，但在頭部添加「AB」（「AB1234 \ n」）仍匹配「1234 \ n」。我也會修改我的代碼，因爲我發現了一個非常令人失望的錯誤。 – noalac 2013-04-06 02:44:03

非常好，謝謝。完美的作品。 – 2013-04-08 17:28:38

問題：

/$_/意味着$_ =~ /$_/，所以也許你應該爲模式使用不同的變量。
您不會將文本轉換爲正則表達式模式（可以使用quotemeta來完成）
您可能會輸出同一行兩次。
請不要將全局變量用於文件句柄。
不需要將正在搜索的整個文件加載到內存中。

解決方案：

my ($pos_qfn, $exome_qfn) = @ARGV; 

open(my $pos_fh, '<', $pos_qfn) 
    or die("Could not open $pos_qfn: $!\n"); 
my @pos = <$pos_fh>; 
chomp(@pos); 

my $pat = join '|', map quotemeta, @pos; 

open(my $exome_fh, '<', $exome_qfn) 
    or die("Could not open $exome_qfn: $!\n"); 

while (<$exome_fh>) { 
    print if /$pat/; 
}

來源

2013-04-05 17:32:18 ikegami

@TLP，確實是固定的。 – ikegami 2013-04-05 23:11:30

我認爲你的代碼正在編譯每次調用中的匹配模式。加入後只需添加'$ pat = qr/$ pat /;'就可以解決問題。 – 2013-04-05 23:57:33

Perl grep兩個數組

回答

相關問題