在cython中聲明numpy數組和c指針

在我的代碼中，我通常使用numpy數組來在方法和類之間進行接口。優化我的程序的核心部分我使用cython與這些numpy數組的c指針。不幸的是，我目前聲明數組的方式非常長。在cython中聲明numpy數組和c指針

例如，假設我有應該返回一個numpy的陣列someArrayNumpy的方法，但是函數指針內* someArrayPointers應該用於速度。這就是我通常這樣聲明：

cdef: 
    numpy.ndarray someArrayNumpy = numpy.zeros(someArraySize) 
    numpy.ndarray[numpy.double_t, ndim=1] someArrayBuff = someArrayNumpy 
    double *someArrayPointers = <double *> someArrayBuff.data 

[... some Code ...] 

return someArrayNumpy

正如你所看到的，這個佔用3行代碼基本上一個陣列，而且往往我要宣佈更多的陣列。

是否有一個更緊湊的/聰明的方式做到這一點？我想我錯過了一些東西。

編輯：

，是因爲它被要求J.馬丁諾特-拉加德我計時C指針和「numpy的指針」。該代碼基本上

for ii in range(someArraySize): 
    someArrayPointers[ii] += 1

和

for ii in range(someArraySize): 
    someArrayBuff[ii] += 1

與上面的定義，但我補充說：「NDIM = 1，模式= 'C'」，以確保公正。結果是someArraySize = 1e8（時間以毫秒爲單位）：

testMartinot("cPointers") 
531.276941299 
testMartinot("numpyPointers") 
498.730182648

這就是我從之前/不同的基準測試中大致記得的。

來源

2013-07-10 oli

如果有人正在閱讀：現在我開始使用類型的cython記憶體。根據我的經驗，它們非常接近C指針（比numpy緩衝區更接近）並且使用起來更容易。事實上，在一些罕見的情況下，我用C指針使得它們比類型化的內存視圖更慢，從而導致「小」（因此不容易識別/避免）錯誤。我真的建議在有可能的情況下輸入記憶體視圖。 – oli

你實際上聲明兩個numpy的陣列這裏，第一個是通用的，第二個有一個特定的D型。你可以跳過第一行，someArrayBuff是一個ndarray。

這給：

numpy.ndarray[numpy.double_t] someArrayNumpy = numpy.zeros(someArraySize) 
double *someArrayPointers = <double *> someArrayNumpy.data

你，因爲你正在使用someArrayPointers並返回someArrayNumpy所以你必須聲明它們需要至少兩行。

作爲一個側面說明，你確定那個指針是不是ndarrays更快，如果你聲明的類型和數組的維數？

numpy.ndarray[numpy.double_t, ndim=2] someArrayNumpy = numpy.zeros(someArraySize)

來源

2013-07-10 13:57:15

謝謝你的回答，我以某種方式認爲numpy.dtype_t是一個必要的緩衝區。順便說一句，我添加了一些timit以上，以證明使用C指針。這不是很多，但在我的情況下，加速5％以上是值得的。 – oli

感謝您的基準！ –

在cython中聲明numpy數組和c指針

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