在Cython和NumPy中包裝C函數

我想從Python調用我的C函數，以便操縱一些NumPy數組。功能是這樣的：在Cython和NumPy中包裝C函數

void c_func(int *in_array, int n, int *out_array);

，其中結果在out_array，其大小我知道事先提供的（不是我的功能，實際上）。我嘗試做相應.pyx文件中的以下，爲了能夠從與NumPy陣列通過輸入功能，並把結果存儲在一個與NumPy陣列：

def pyfunc(np.ndarray[np.int32_t, ndim=1] in_array):  
    n = len(in_array) 
    out_array = np.zeros((512,), dtype = np.int32) 
    mymodule.c_func(<int *> in_array.data, n, <int *> out_array.data) 
    return out_array

，但我得到 "Python objects cannot be cast to pointers of primitive types"輸出分配錯誤。我該如何做到這一點？

（如果我需要Python的調用者分配適當的輸出數組，然後我可以做

def pyfunc(np.ndarray[np.int32_t, ndim=1] in_array, np.ndarray[np.int32_t, ndim=1] out_array): 
    n = len(in_array) 
    mymodule.cfunc(<int *> in_array.data, n, <int*> out_array.data)

但我能做到這一點的方式，調用者不必預先分配適當大小輸出數組？

來源

2012-04-08 Peter

沒請您儘量提供補充'CDEF np.ndarray'之前'out_array' assignement？ – Simon 2012-04-08 17:58:01

工作，謝謝！ – Peter 2012-04-08 18:07:57

您應該assignement前添加cdef np.ndarray：

def pyfunc(np.ndarray[np.int32_t, ndim=1] in_array):  
    cdef np.ndarray out_array = np.zeros((512,), dtype = np.int32) 
    n = len(in_array) 
    mymodule.c_func(<int *> in_array.data, n, <int *> out_array.data) 
    return out_array

來源

2012-04-10 08:09:25 Simon

這裏是一個示例如何使用通過ctypes在C/C++中編寫的代碼來處理NumPy數組我寫了一個小函數在C中，從第一個數組中取數的平方並將結果寫入第二個數組，元素個數由第三個參數給出，該代碼被編譯爲共享對象

squares.c編譯squares.so：

void square(double* pin, double* pout, int n) { 
    for (int i=0; i<n; ++i) { 
     pout[i] = pin[i] * pin[i]; 
    } 
}

在Python中，您使用的ctypes只是加載庫並調用該函數。數組指針是從NumPy ctypes接口獲得的。

import numpy as np 
import ctypes 

n = 5 
a = np.arange(n, dtype=np.double) 
b = np.zeros(n, dtype=np.double) 

square = ctypes.cdll.LoadLibrary("./square.so") 

aptr = a.ctypes.data_as(ctypes.POINTER(ctypes.c_double)) 
bptr = b.ctypes.data_as(ctypes.POINTER(ctypes.c_double)) 
square.square(aptr, bptr, n) 

print b

這對於任何C語言庫工作，你只需要知道哪些參數類型傳遞，可能使用ctypes的重建C-結構的蟒蛇。

來源

2012-04-08 17:03:48 pwuertz

我認爲OP想要使用cython而不是ctypes – Simon 2012-04-08 17:51:22

在Cython和NumPy中包裝C函數

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