如何從R中讀取多個FASTA文件？

我有以下問題：我有10個不同的FASTA文件，每個文件中有一千個序列。我想從每個fasta文件讀取所有序列，然後（用粘貼）創建一個包含所有序列的大文件。如何從R中讀取多個FASTA文件？

我的問題如下：如何在同一時間從不同的文件讀取？

我想：

a<-list.files()

然後

for (x in a) { temp<-read.table(x) seq<-summary(temp) print (seq)

，但它不能正常工作。我也嘗試命令read.fasta，但它給了我一個奇怪的輸出（並非所有的序列）

非常感謝您的幫助，它將非常感激！

法比奧

PS。我一個星期前開始與R合作，所以請耐心等待，即使這是一個愚蠢的問題！

2012-02-17 fabioln79

如果您在這裏沒有得到幫助，也許在Bioconductor郵件列表上試試您的問題（指出您是從StackOverflow交叉發佈的）。 – 2012-02-17 13:36:01

您可以成功導入單個文件嗎？爲什麼在命令之間沒有「;」或新行？ – 2012-02-17 14:18:01

Bioconductor有很多與DNA序列一起工作的軟件包。與

source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite("ShortRead")

加載庫安裝ShortRead包和諮詢幫助頁面readFasta

library(ShortRead) 
?readFasta

找出一個模式（像list.files）匹配你想讀的FASTA文件，並讀取模式匹配到一個單一的對象的所有文件FASTA

patt <- "fasta$" 
fasta <- readFasta("/my/directory/containing/fasta/files", patt)

然後寫入對象出來

writeFasta(fasta, "my_destination.fasta")

但實際上R並不是合併文件的正確工具;可能你想要做更多有趣的事情，其中一些可能會在短文的ShortRead，Biostrings描述，並GenomicRanges

browseVignettes("ShortRead") 
browseVignettes("Biostrings") 
browseVignettes("GenomicRanges")

的Bioconductor mailing list是獲得Bioconductor的包支持的最佳場所。

2012-02-17 15:55:35

非常感謝。然而，而不是readFasta ...我使用了命令apply（lapply（myseqs，function（x），read.fasta（x））。 – fabioln79 2012-02-21 13:02:28

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