如何匹配兩個不等長的numpy數組？

我有兩個1D numpy陣列。長度不相等。我想要使對（array1_elemnt，array2_element）的元素相互靠近。讓我們考慮下面的例子如何匹配兩個不等長的numpy數組？

a = [1,2,3,8,20,23] 
    b = [1,2,3,5,7,21,35]

預期的結果是

[(1,1), 
    (2,2), 
    (3,3), 
    (8,7), 
    (20,21), 
    (23,25)]

需要注意的是5獨處是很重要的。它可以很容易地通過循環完成，但我有非常大的數組。我考慮使用最近的鄰居。但感覺就像殺了一個雀鱔的麻雀。

任何人都可以請建議任何優雅的解決方案。

非常感謝。

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2011-09-12 Shan

你會期望什麼：[1,3,5]，[2,4]它是否有意義？或者是否有更多關於決勝圈的信息？ – amit

@amit，非常好的一點...在這種情況下......訂單將扮演[（1,2），（3,4）]的角色。謝謝 – Shan

您的預期結果中的數字「8.7」來自哪裏？你的輸入數組是否總是像這樣預先排序？ – wim

你可以使用內置的map函數來實現這個功能。例如：

ar1 = np.array([1,2,3,8,20,23]) 
ar2 = np.array([1,2,3,5,7,21,35]) 
def closest(ar1, ar2, iter): 
    x = np.abs(ar1[iter] - ar2) 
    index = np.where(x==x.min()) 
    value = ar2[index] 
    return value 

def find(x): 
    return closest(ar1, ar2, x) 
c = np.array(map(find, range(ar1.shape[0])))

在上面的示例中，看起來您希望在配對後排除值。在這種情況下，您可以包括在這樣的第一功能的去除方法，但要非常小心如何陣列1排序：

def closest(ar1, ar2, iter): 
    x = np.abs(ar1[iter] - ar2) 
    index = np.where(x==x.min()) 
    value = ar2[index] 
    ar2[ar2==value] = -10000000 
    return value

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2011-09-15 06:08:39 mike

如何使用Needleman-Wunsch算法？ :)

評分矩陣將是微不足道的，因爲兩個數字之間的「距離」只是他們的差異。

但是，這可能會覺得自己殺了麻雀與坦克...

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2011-09-12 07:41:18

@jellybean ...很酷......這可能是一件事情....讓我們看看是否有人想出了別的東西。謝謝反正 – Shan

我能想到的最好的方法是使用一個循環。如果python中的循環很慢，可以使用Cython來加速你的代碼。

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2011-09-12 08:02:41 HYRY

我認爲一個能做到這一點是這樣的：

創建兩個新的結構化陣列，使得存在指示哪個數組的值所屬的第二索引，其是0或1，即，鍵
級聯兩個陣列沿第一場中的統一陣列（值）
使用2個疊
排序：經過所述陣列將與鑰匙1的元素的左側堆棧上，當你交叉的元件與鍵0，把它們放在正確的堆棧中。當你用鍵0到達第二個元素時，首先用鍵0檢查左右堆棧的頂部和底部，並取最接近的值（可能有最大距離），切換堆棧並繼續。

排序應該是最慢的步驟，堆棧的最大總空間是n或m。

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2011-09-12 14:14:15 steabert

你可以做到以下幾點：

 
a = np.array([1,2,3,8,20,23]) 
b = np.array([1,2,3,5,7,21,25]) 

def find_closest(a, sorted_b): 
    j = np.searchsorted(.5*(sorted_b[1:] + sorted_b[:-1]), a, side='right') 
    return b[j] 

b.sort() # or, b = np.sort(b), if you don't want to modify b in-place 
print np.c_[a, find_closest(a, b)] 

# -> 
# array([[ 1, 1], 
#  [ 2, 2], 
#  [ 3, 3], 
#  [ 8, 7], 
#  [20, 21], 
#  [23, 25]])

這應該相當快。它的工作原理是searchsorted將爲每個數字a找到經過兩個數字之間的中點（即最接近的數字）的b的索引。

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2011-09-20 21:34:03

如何匹配兩個不等長的numpy數組？

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