將BioFormats文件導入到Matlab時出錯

我試圖從Slidebook v4.2導入.spl文件到Matlab中，但我遇到了問題。將BioFormats文件導入到Matlab時出錯

我從here下載了函數和loci_tools.jar。我用它們導入一個有小問題的文件（它得到了Z平面和時間點倒退，以及錯誤地記錄了一些錯誤的採集通道的文件），但我找出了問題的模式，並能夠解決他們。

然後我試圖導入另一個文件，我得到了這個我一直無法解決的錯誤。任何想法將不勝感激。我是新手，在matlab中使用java和java。以下是錯誤我得到：

I = bfopen(‘filename.spl’); 
Finding offsets to pixel data 
Determining dimensions 
Reading series #1 
    .Error using loci.formats.ChannelSeparator/openBytes 
Java exception occurred: 
java.lang.IllegalArgumentException: Negative position 
at sun.nio.ch.FileChannelImpl.read(FileChannelImpl.java:600) 
at loci.common.NIOByteBufferProvider.allocateDirect(NIOByteBufferProvider.java:133) 
at loci.common.NIOByteBufferProvider.allocate(NIOByteBufferProvider.java:118) 
at loci.common.NIOFileHandle.buffer(NIOFileHandle.java:532) 
at loci.common.NIOFileHandle.seek(NIOFileHandle.java:254) 
at loci.common.RandomAccessInputStream.seek(RandomAccessInputStream.java:140) 
at loci.formats.in.SlidebookReader.openBytes(SlidebookReader.java:130) 
at loci.formats.ImageReader.openBytes(ImageReader.java:414) 
at loci.formats.ChannelFiller.openBytes(ChannelFiller.java:197) 
at loci.formats.ChannelSeparator.openBytes(ChannelSeparator.java:226) 
at loci.formats.ChannelSeparator.openBytes(ChannelSeparator.java:159) 

Error in bfGetPlane (line 75) 
plane = r.openBytes(iPlane - 1, ip.Results.x - 1, ip.Results.y - 1, ... 

Error in bfopen (line 144) 
    arr = bfGetPlane(r, i, varargin{:});

來源

2013-10-20 Ben

似乎是無論是數據還是loci_tools中的錯誤。是否有可能提供導致錯誤的數據？ – Daniel

我現在不能，但我會嘗試明天上傳東西 – Ben

我可以複製ImageJ/FIJI中的錯誤，所以我認爲這是OME BioFormats工具箱中的錯誤 – Ben

請通過enabling the Bio-Formats 5 update site嘗試最新版本的生物格式5.您可以輕鬆地使用它在斐濟，或使用MATLAB從詹金斯的latest loci_tools.jar。

如果仍然出現錯誤，請隨時撥打report a bug。也就是說，推薦的方法是將您的數據從Slidebook軟件導出到OME-TIFF format。

不幸的是，雖然很流行，但3i Slidebook可能是我們嘗試在生物格式中支持的最神祕和困難的格式。我們多次與Slidebook開發人員會面，討論如何最好地處理這個問題。但SLD格式從未打算供公衆使用，並且它隨着Slidebook軟件的每次迭代而不斷髮展。因此，我們的妥協方案是讓Slidebook軟件支持強大的OME-TIFF格式導出，從而保留豐富的與顯微鏡相關的元數據。從Bio-Formats 3i Slidebook page：

我們強烈建議用戶使用SlideBook軟件將他們的.sld文件導出到OME-TIFF。 Bio-Formats不太可能支持包含在.sld文件中的全部元數據，因此，從SlideBook導出到OME-TIFF是確保保留所有元數據的最佳方式。

我知道這並不完全令人滿意，但不可能很快改變。也許，如果許多客戶表達了強烈偏好的Slidebook團隊，使SLD格式工作生物格式更好，他們將採取一些措施來重新處理格式...

參見：Bio-Formats FAQ: Why do my Slidebook files take a long time to open?

來源

2013-11-19 15:20:20 ctrueden

對不起，我直到現在纔看到這個。我認爲這是Bio-Formats中的一個錯誤，因爲我嘗試導入斐濟時遇到了同樣的錯誤。我聯繫了製作該軟件並向他們提交錯誤的人員。 – Ben

將BioFormats文件導入到Matlab時出錯

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