將數據插入到數據幀中基於兩個因素

Question

我有一個數據幀，其是樣品ID號碼，然後井位置的第一列，像這樣的獨特組合：

>df[1:12,1:10] 

S W V3 V4 
SID1 A01 <NA> <NA> 
SID2 A02 <NA> <NA> 
SID3 A03 <NA> <NA> 
SID4 A01 <NA> <NA> 
SID5 A02 <NA> <NA> 
SID5 A03 <NA> <NA> 

組合的S和W列是獨一無二的，並且必須保持如此，因爲一些樣品具有重複測量，但對於下游分析原因（不在R中）不能像通常那樣放置在同一行上。

我希望根據這兩列的唯一組合將數據插入數據框。

我想插入的數據是從另一個數據幀，看起來像這樣：

>results[1:12, 1:4] 

SampleID Value Assay   Well 
SID1  0  V3  A01 
SID1  0  V4  A01 
SID2  1  V3  A02 
SID2  2  V4  A02 
SID3  0  V3  A03 
SID3  1  V4  A03 
SID4  0  V3  A01 
SID4  0  V4  A01 
SID5  1  V3  A02 
SID5  2  V4  A02 
SID6  0  V3  A03 
SID6  1  V4  A03 

所以目前我通過列（V3和V4循環，也有真實的數據約1000列設置），並根據樣本ID，孔位置和化驗的獨特組合，逐個插入數據。這很慢。我想通過插入所有V3的值來加快矢量化速度，這取決於樣本ID和井號。

我試圖

for(i in levels(result$Assay)) 
{ 
    df$V3[(df$V1 %in% results$SampleID)&(df$V2 %in% results$Well] 
    = results$Value[results$Assay==i] 
} 

這對我不起作用。我想象因爲我的一些愚蠢！
任何想法？

編輯：
其實，本的解決方案几乎工作。一開始一切都很好，但是因爲測試分佈在n個文件上，並且當合並試圖通過測試將它加入到df中時將樣本分散在y文件中，它添加了一個新列並添加一個「.1」結束。

準確地說你期望合併做我想。我的錯是因爲沒有解釋我的數據來自不同的文件。

來說明：

我有16個文件。共有1536個樣本分佈在4個文件中，每個文件384個。有160個獨立的測定，分佈在4個測定包中。爲了運行每個樣品的每個分析，我最終得到16個文件。

所以如果我可以合併不添加一個新的列，如果當前化驗的列已經存在，那將是完美的。

歡迎您提出所有建議，
對於在解釋我的數據時發生垃圾而感到抱歉！

乾杯
戴維

Answer 1

讓我們假設你有一個文件名在一個載體datafiles這樣的文件1-4樣品1-384的所有試驗數據，5-8樣品385所有檢測-768等等，並且您希望以1536行x 162列的數據框結束。

library(reshape) 
## read all files into a list of data frames: 
alldata <- lapply(datafiles,read.table) 

分成四個組塊：

splitdata <- split(alldata,rep(1:4,each=4)) 

的函數採取的n數據集的列表，每個都包含來自k個體（m測定即每一個都是k*m行乘4列：SampleID， Well,Assay,Value），並將它們組合成單個數據集，即k行n*m+2列長：

mergefun <- function(X) { 
    cdata <- lapply(X, 
        cast, 
        formula=SampleID+Well~Assay, 
        value="Value") 
    ## produces data sets of the form 
    ## SampleID Well V3 V4 
    ## 1  SID1 A01 0 0 
    ## 2  SID2 A02 1 2 
    ## ... 
    Reduce(cdata,merge) 
} 

現在申請這對每個塊：

merged_data <- lapply(splitdata,mergefun) 

下面結合大塊：

final <- do.call(rbind,merged_data) 

我不知道這會工作，但它可能。如果第一次嘗試不起作用，你應該拆開它們，分別檢查他們做了什麼 - 我可能在某個地方搞砸了。