修改python中的字符列表

Question

我有一個用於創建序列的FASTA文件的程序。

input=['ARIMALTHNAEYSDSFTAL','ARIMFLTHNFEYSESFTAL','AHIMNPTENAEYHESFTAL','AHIMNPTENTEYWDSFTAL','AHIMNDTHNFEYHDSFTAL','AHIMNDTNNTEYWESFTAL','ARIMFDTENAEYHDSFTAL','AHIMADTNNTEYWDSFTAL','ARIMFLTENTEYHESFTAL'] 

l = len(input[0]) 

my_residues = [set() for _ in xrange(l)] 
for h in input: 
    for i, x in enumerate(h): 
     my_residues[i].add(x) 

my_residues = [list(x) for x in my_residues] 
print my_residues 

這會給這樣

[['A'], ['H', 'R'], ['I'], ['M'], ['A', 'N', 'F'], ['P', 'L', 'D'], ['T'], ['H', 'E', 'N'], ['N'], ['A', 'T', 'F'], ['E'], ['Y'], ['H', 'S', 'W'], ['E', 'D'], ['S'], ['F'], ['T'], ['A'], ['L']] 

輸出，但我想以這樣的方式，所有的氨基酸殘基有一組，如果它包含一個以上的殘留輸出。 所以輸出應該是這樣的：

[['A'], ['A','C','D','E','F','G','H','I','K','L','M','N','P','Q','R','S','T','V','W','Y'], ['I'], ['M'], ['A','C','D','E','F','G','H','I','K','L','M','N','P','Q','R','S','T','V','W','Y'], ['A','C','D','E','F','G','H','I','K','L','M','N','P','Q','R','S','T','V','W','Y'], ['T'], ['A','C','D','E','F','G','H','I','K','L','M','N','P','Q','R','S','T','V','W','Y'],...... ['F'], ['T'], ['A'], ['L']] 

Answer 1

你需要建立my_residues時跟蹤所有氨基酸殘基，那麼當你再次循環創建列表，用所有可能的氨基酸殘基的名單更換一套如果長度不爲1：

import string 
all_residues = sorted(set(string.ascii_uppercase) - set('BJOUXZ')) 

my_residues=[set() for _ in xrange(len(input[0]))] 
for h in input: 
    for i, x in enumerate(h): 
     my_residues[i].add(x) 

my_residues=[list(x) if len(x) == 1 else all_residues for x in my_residues] 
print my_residues 

此打印：

[['A'], ['A', 'C', 'D', 'E', 'F', 'G', 'H', 'I', 'K', 'L', 'M', 'N', 'P', 'Q', 'R', 'S', 'T', 'V', 'W', 'Y'], ['I'], ['M'], ['A', 'C', 'D', 'E', 'F', 'G', 'H', 'I', 'K', 'L', 'M', 'N', 'P', 'Q', 'R', 'S', 'T', 'V', 'W', 'Y'], ['A', 'C', 'D', 'E', 'F', 'G', 'H', 'I', 'K', 'L', 'M', 'N', 'P', 'Q', 'R', 'S', 'T', 'V', 'W', 'Y'], ['T'], ['A', 'C', 'D', 'E', 'F', 'G', 'H', 'I', 'K', 'L', 'M', 'N', 'P', 'Q', 'R', 'S', 'T', 'V', 'W', 'Y'], ['N'], ['A', 'C', 'D', 'E', 'F', 'G', 'H', 'I', 'K', 'L', 'M', 'N', 'P', 'Q', 'R', 'S', 'T', 'V', 'W', 'Y'], ['E'], ['Y'], ['A', 'C', 'D', 'E', 'F', 'G', 'H', 'I', 'K', 'L', 'M', 'N', 'P', 'Q', 'R', 'S', 'T', 'V', 'W', 'Y'], ['A', 'C', 'D', 'E', 'F', 'G', 'H', 'I', 'K', 'L', 'M', 'N', 'P', 'Q', 'R', 'S', 'T', 'V', 'W', 'Y'], ['S'], ['F'], ['T'], ['A'], ['L']]